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(無題) 削除/引用 No.3755-5 - 2015/01/18 (日) 12:48:22 - おお >[Re:2] おおさんは書きました : > できなくもないけど説得力があるかどうか、、、 > > 3つほど思いつくんですが、バイオ基礎系でなじみがあるものだと、たとえばAで2foldとか閾値を設定して、それ以上の遺伝子をリストアップして遺伝子xのAの発現量とBの発現量を対応させてpaired T-testをする。 あ、補足だけど一つの遺伝子じゃなくてlist upした遺伝し全部つかうということです。

(無題) 削除/引用 No.3755-4 - 2015/01/18 (日) 11:53:46 - おお >[Re:3] あのさんは書きました : > もはやアレイの検出には限界が多いことは既知の事実ですから、興味深い遺伝子に的をしぼり、タンパクレベルで解析でないと、まともなジャーナル以外はリジェクトでしょう。 wetで実験してて特にそう言う作用などを遺伝子の発現で考える場合はそうですね。 薬物動態とかで細胞膜透過性とのデーター比較とかそう言うのがあるなら網羅的なまま解析してもいいのかもともおもえます。

(無題) 削除/引用 No.3755-3 - 2015/01/18 (日) 09:29:38 - あの もはやアレイの検出には限界が多いことは既知の事実ですから、興味深い遺伝子に的をしぼり、タンパクレベルで解析でないと、まともなジャーナル以外はリジェクトでしょう。

(無題) 削除/引用 No.3755-2 - 2015/01/18 (日) 03:56:17 - おお できなくもないけど説得力があるかどうか、、、 3つほど思いつくんですが、バイオ基礎系でなじみがあるものだと、たとえばAで2foldとか閾値を設定して、それ以上の遺伝子をリストアップして遺伝子xのAの発現量とBの発現量を対応させてpaired T-testをする。 そのほかだと、両者が同等という仮定でBの上記でピックアップしたような各遺伝子がAにたいして高いか低いかでsign test. また同じようにピックアップして、Aで高い遺伝子、Bで高い遺伝子Aで低い遺伝子、Bで低い遺伝子の2x2のテーブルをつくりカイ自乗検定、んこれはfisher exactかな、、、あまり使わないのでこんらんしてますけど。 まあでも統計学的に見た是非はちょっとわからないので、専門的な人に相談した方がいいような気がします。

統計計算法について 削除/引用 No.3755-1 - 2015/01/17 (土) 23:14:21 - つよ いつもお世話になっております。 今回は統計計算方法についての質問があり投稿させて頂きました。 ある薬剤Aを処理した培養細胞と、薬剤Bを処理した培養細胞それぞれからRNAを抽出し、マイクロアレイ解析を行いました。各3回反復実験を行いました。 AとBは構造的に良く似た薬剤でして、結果として殆ど同じ遺伝子群を発現しておりました。誘導された遺伝子群の発現レベルを個々に見ますと、有意差はないもののBで処理した方が常に僅かですが発現レベルが高いようです。 このように、個々の遺伝子レベルでは差はないと判断せざるを得ないものでも、誘導される全ての遺伝子でBの方が僅かに高いことを、統計的に処理し、実際にAより効果があるか無いかを検討したいと考えておりますが、どの様な計算方法が良いでしょうか。 宜しくお願い致します。

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