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今までのPCR産物で最もサイズが小さかったもの
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No.3737-TOPIC - 2015/01/13 (火) 11:07:46 -
誠
皆様がPCRで増幅した産物で最も小さかったものはどのくらいのbpでしたか?またその際に苦労したことなどあればお聞かせください。
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No.3737-3 - 2015/01/15 (木) 11:56:49 - UC
100-mer以下の小さいものだとオリゴ合成で良いんじゃねって話になりますが
まぁPCRじゃないといけない理由とかあるんでしょうね。BDさんが言及されて
いるように、PCR段階での苦労はそうなくて、その後の精製とかに気を使いますかね。僕は、ZymoのDCC-5カラム精製を愛用してました。確か23-merあたりまで
対応してたと思います。
(個人的には、15kbpを超えるようなPCRの苦労話に興味がありますが)
EMSA
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No.3737-2 - 2015/01/14 (水) 14:08:56 -
BD
EMSAのプローブ作成の為に全長50bp程度のものを増やしました。
(インサート20bp プライマー15bp each)
1kb/min以下の高速Taq (会社名や商品名は避けます)を使うと上手く行かなかった事覚えております。結構安価なポリメラーゼで十分に増えました。
精製の時に一般的なスピンカラムですと、結構ロスが大きかったため、フェノクロ抽出後、シーケンス前のスピンカラムか、酢酸アンモニウム沈殿(グリコーゲンキャリア有)で精製していました。
今までのPCR産物で最もサイズが小さかったもの
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No.3737-1 - 2015/01/13 (火) 11:07:46 -
誠
皆様がPCRで増幅した産物で最も小さかったものはどのくらいのbpでしたか?またその際に苦労したことなどあればお聞かせください。
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