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(無題) 削除/引用 No.3672-9 - 2014/12/24 (水) 23:01:11 - サンショウウオ https://www.jaici.or.jp/SCIFINDER/feat_explore.html 構造式から検索できるみたいです。Scifinderだと。。。。。今更だけど、これにアミノ酸も検索すれば出るかもしれない、アミノ酸そのものが。 他の分子モデリングソフトウェア(Discovery studio,Molecular operating environment, OpenEyeOmega)あたりにそれっぽい機能はあるかもしれないけど、使ったことないので良く知りません。

皆様ありがとうございました 削除/引用 No.3672-8 - 2014/12/24 (水) 12:42:01 - 低分子化合物 大変勉強になります。 もうひとつ教えていただきたいのですが、ある分子の一部分の構造と類似する小分子を探すにはどのような方法がありますか？ よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.3672-7 - 2014/12/18 (木) 21:44:09 - サンショウウオ 確かにπ結合系とかちゃんと計算するの大変そう。

(無題) 削除/引用 No.3672-6 - 2014/12/18 (木) 16:03:30 - おお そうですね。単独の安定な構造はある程度予測ができますね。でも、何かに結合しているとなるとその相互作用した状態で安定な構造になりますので、、、あと形が一緒でも必要な原子あるいは電子的環境がなければ、、、

(無題) 削除/引用 No.3672-5 - 2014/12/18 (木) 15:33:32 - サンショウウオ 5残基の最安定構造（水中）を探すだけなら Rosettaシステム（www.rosettacommons.org/docs/latest/）インストールして 5残基のアミノ酸でAbinitio foldingを1000回行って最安定解を求めたりできます。（簡易的にはFolditStandalone） たとえばアルギニン×5残基だと下のようなヘリックスになります。 画像：　www.fastpic.jp/viewer.php?file=6833672635.png 類似化合物は、、、目視で探索したほうが速いかと思います。

おおさんへ 削除/引用 No.3672-4 - 2014/12/17 (水) 15:51:12 - 低分子化合物 早速ありがとうございます。 やはり、ペプチドシークエンス（今回は5アミノ酸）を放りこんで、取りうる可能性のある構造と類似する化合物を抽出するような便利なツールはないのでしょうね。残念です。

(無題) 削除/引用 No.3672-3 - 2014/12/17 (水) 14:27:58 - おお ttp://www.providpharma.com/files/Provid_Peptides_Mimetics.pdf

(無題) 削除/引用 No.3672-2 - 2014/12/17 (水) 14:18:05 - おお もうちょっと情報がいるんじゃないか?ペプチドは構造にフレキシブルなのでどんな構造をしているとき効果があるかとか、どの残基やバックボーンのどの原子がその効果に必要とか、、、確かに手探りでできないこともない部分もあるでしょうけど。 ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8016896 ttp://www.biosyn.com/tew/Peptide-Mimetics.aspx

ペプチドからの変換 削除/引用 No.3672-1 - 2014/12/17 (水) 13:56:13 - 低分子化合物 ファージライブラリー等から当たりのクローンを得て、シーケンス確認して決定した数個のアミノ酸構造と類似する低分子化合物を検索する何かいい方法はありませんか？

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