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(無題) 削除/引用 No.3661-6 - 2014/12/18 (木) 02:21:52 - 遊chem 直輝さん ご回答有難うございました。

(無題) 削除/引用 No.3661-5 - 2014/12/18 (木) 01:05:54 - 直輝 TransfacとかGenomatixです。

(無題) 削除/引用 No.3661-4 - 2014/12/17 (水) 03:36:03 - 遊chem おおさん、直輝さん 御回答ありがとうございました。 コンセンサス配列の探索は、現状難しいという事は理解できました。 直輝さん >有償のプログラムならありますけど、 参考までに、具体的な名前を教えていただければ幸いです。

(無題) 削除/引用 No.3661-3 - 2014/12/14 (日) 18:22:55 - 直輝 有償のプログラムならありますけど、 ・コンセンサス配列の曖昧さと、それを検出するアルゴリズムの不完全さ ・転写因子の組み合わせの問題 ・細胞の種類による転写因子のコファクターの発現の有無 ・速度論的な問題 等の問題があって、転写因子解析の類は実用レベルとは程遠いです。

(無題) 削除/引用 No.3661-2 - 2014/12/14 (日) 04:48:14 - おお そういう方法で結果を示した論文がscienceに発表されたのを見たことがあります。それからかれこれ10年ぐらいはたちますかねぇ。。。具体的にはちょっと示せませんけど、、、 最近はCLIP-seqなどRNAbinding proteins に結合するRNAを網羅的に配列をきめてそこからコンセンサスを見つけるといったこともやられています。もしかしたら、つかえるかもしれません。ただし一つ一つの配列は短いです。

コンセンサス配列の探索法 削除/引用 No.3661-1 - 2014/12/14 (日) 02:45:06 - 遊chem 現在ある反応の前後でのマイクロアレイをかけて遺伝子の発現量の変化を見ています。色々なファクターが上昇しすぎ、また一貫性がありません。何種類か今後にターゲットとする遺伝子はあるのですが、これらの遺伝子が共通に制御を受ける因子などを知りたくなります。 そこで、コンセンサス配列のターゲット遺伝子上での有無をターゲット遺伝子名で検索することで調べたり。ターゲット遺伝子を引っ張て来てそれを入力とすると含まれるコンセンサス配列を吐き出すようなプログラムはありませんか？ あるいは遺伝子上の類似の配列調べるプログラムはありませんか？

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