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(無題) 削除/引用 No.3620-9 - 2014/12/05 (金) 09:26:17 - 774 先染め＝ゲルに混ぜる。 だけでなく、泳動バッファーに染色剤を入れる。とかのもあるみたいですね。 サンプルに混ぜるってのも先染めになりますね。 勉強不足でした。すみません。

(無題) 削除/引用 No.3620-8 - 2014/12/05 (金) 09:18:01 - 774 先染め＝ゲルに予め染色剤を混ぜる。 後染め＝電気泳動後に染色剤を含むバッファーで染色する。 だと思うのですが。。。 しつこくすみません。

(無題) 削除/引用 No.3620-7 - 2014/12/05 (金) 08:36:53 - Gel そうですね。オーバーロードすると大抵恐ろしいスピードで流れているので使い物になりません。結局ゲル抽出で問題なく使えているのはエチブロとミドリグリーンだけです。

(無題) 削除/引用 No.3620-6 - 2014/12/05 (金) 08:35:15 - え うちもGelRedを使ってますが、先染めでDNA量が多いと泳動が乱れます。 印象としては、DNAの量に応じて移動度が速くなるようです。 多いと言っても、検出できるかどうか位まで量を減らさないと普通に流れないので、実用的ではないですね。 原因は不明ですが、後染めで使ってます。

(無題) 削除/引用 No.3620-5 - 2014/12/05 (金) 07:20:47 - Gel 774さん http://www.wako-chem.co.jp/siyaku/product/life/Biotium/ に、一応染色方法が先染め/後染めと記載されているので大丈夫だとは思うのですが。。。 ゲル抽出するときに、エチブロの気分で多めにDNAをロードすると必ず曲がります。

(無題) 削除/引用 No.3620-4 - 2014/12/03 (水) 10:03:56 - 774 Gel Redを使ってますが、泳動はEtBrと同じですね。 10,00xを20,00倍で使ってます。 先染めはゲルに混ぜるプロトコルだったのでは？ サンプルにGel Redを混ぜるのは説明書に載ってなかったような・・・ 違ってたらすみません。

(無題) 削除/引用 No.3620-3 - 2014/12/03 (水) 06:53:16 - Gel 一応メーカーのHPには以下のような記述があります。 しかし、マーカーだけは多めに入れてみても綺麗に流れるんですよね。 不思議です。 Why am I seeing smeared or smiling DNA band(s) or discrepant DNA migration? Many customers use GelRed precast gels for convenience. However, because GelRed and GelGreen are high affinity dyes designed to be larger dyes to improve their safety, they can affect the migration of DNA in precast gels. Some samples, such as restriction digested DNA may migrate abnormally in GelRed precast gels. The following modifications may improve band resolution in precast gels. Reduce the amount of DNA loaded. Smearing and smiling is often caused by overloading of DNA. The recommended loading amount for ladders and samples of known concentration is 50-200 ng/lane. For samples of unknown concentration, try loading one half or one third of the usual amount of DNA. Reduce the amount of GelRed in the gel, for example use 0.5X instead of 1X final concentration of GelRed. Pour a lower percentage agarose gel. Higher molecular weight DNA separates better with a lower percentage gel. Change the running buffer. TBE buffer has a higher buffering capacity than TAE buffer. To avoid any interference the dye may have on DNA migration, we recommend using the post-staining protocol. If your application requires loading more than the recommended amount of DNA, use the post-staining protocol.

(無題) 削除/引用 No.3620-2 - 2014/12/03 (水) 06:52:53 - おお サンプルに混ぜてえいどうするばあい、バンドがきれいに出ない場合はgel redの濃度をさげるといいというのが、たしかgel redのweb siteのFAQかtrouble shootingのようなところに書いてたのを、どなたかがリンクをはって示してくれてたとおもいますが、、、

GelGreenやGelRed等の新規蛍光色素 削除/引用 No.3620-1 - 2014/12/03 (水) 06:47:19 - Gel 少し前にもトピックで話題が出ていましたが、Safety stainに変更するラボが ぼちぼち増えてきているような気がします。うちでもゲル抽の時だけは、ブルー LEDで見やすいという事でMidori Greenを使っています。 (サンプルがKitについてくるので・・・) ただ、gel redやgel greenなどをゲルに入れて、いわゆる先染めで泳動すると よくおかしな泳動像になります。よくというかほぼ毎回ですかね。PCR産物の 精製目的でDYEを加えたPCR産物をそのままウェルにアプライして泳動します。 すると、マーカーは歪まないのですが、サンプルの所だけ大幅にブロードなバンド になりシャープな解像度は得られません。これはEtBrを使った場合には全く見られない 現象なので、gel red等に特異的な現象なのかなと思っていますがどうなのでしょうか？ ご経験ある人いますか？midori greenでは今までの所同じ現象は起こっていません。 先染めOKの色素だし、メーカーサイトの泳動像も普通です。塩濃度の影響を受けやすい のでしょうか？

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