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Miniprep後のDNA収量について トピック削除
No.3604-TOPIC - 2014/11/30 (日) 21:04:57 - Y
あるタンパク質の変異体を作成している者です。

DNA templateにmutationをかけXL10-Goldにtransformationし、その後LBプレートでコロニーをピックアップして5ml LB培地で試験管培養(8h)しました。それからMIniPrepでDNAを取り出そうとしたのですが、マニュアル通り行うと最終的なDNAの収量が思ったより少ないことが分かりました。(1μgほどです)
少ないと言いましても通常どのくらい収量が得られるものなのか分からず、ラボの過去の先輩の結果と比較して少ない気がします

Miniprepで使う培養液は試験管培養時の5mlのうち3mlです。試験管培養後は培養液の濁りが見られ、若干沈殿のような物ができていたので十分に大腸菌も増えていると思われます。

MiniPrepはQIAprep Spin Miniprep Kitを使っています。また得られたDNAにはmutationがかかっていることはシーケンスで確認しています。

どうしてDNAの収量が低かったのか原因がわかる方はいらっしゃるでしょうか?
 
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No.3604-8 - 2014/12/01 (月) 09:20:59 - おお
あさピックアップして夜には確認をすませて、すかさずlarge prepに持ち込むひとはいますけどね。

(無題) 削除/引用
No.3604-7 - 2014/12/01 (月) 08:16:43 - 中年
それにしても、培養時間が8hrというのは短すぎると思います。

(無題) 解決済み 削除/引用
No.3604-6 - 2014/11/30 (日) 22:25:29 - Y
早いご返答ありがとうございます

APさんの仰るとおり、pBR系のようです。そうしますと今回のDNAの収量は妥当であるということですね。安心しました。

私ももっと知識と経験を積みたいと思います。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.3604-5 - 2014/11/30 (日) 21:53:44 - AP
pPIC9のoriはpBR系のようですが、

(無題) 削除/引用
No.3604-4 - 2014/11/30 (日) 21:45:45 - Y
ご返答いただき有難うございます。

今後はpichia酵母での大量培養を行うつもりで、プラスミドはpPIC9を使っています。

(無題) 削除/引用
No.3604-3 - 2014/11/30 (日) 21:27:22 - AP
pUC系のハイコピーならミニプレップ(1.5mL培養液)で3〜5 ugというところです。

(無題) 削除/引用
No.3604-2 - 2014/11/30 (日) 21:20:11 - AP
レプリコンはなんですか?
大腸菌でタンパク質大量発現をするためのベクターだとpBR系が一般的なので、ハイコピーと比べたら収量は1/10位です。それだったら3 ml培養液から1 ug という収量はアヴェレージ、むしろいい方です。

Miniprep後のDNA収量について 削除/引用
No.3604-1 - 2014/11/30 (日) 21:04:57 - Y
あるタンパク質の変異体を作成している者です。

DNA templateにmutationをかけXL10-Goldにtransformationし、その後LBプレートでコロニーをピックアップして5ml LB培地で試験管培養(8h)しました。それからMIniPrepでDNAを取り出そうとしたのですが、マニュアル通り行うと最終的なDNAの収量が思ったより少ないことが分かりました。(1μgほどです)
少ないと言いましても通常どのくらい収量が得られるものなのか分からず、ラボの過去の先輩の結果と比較して少ない気がします

Miniprepで使う培養液は試験管培養時の5mlのうち3mlです。試験管培養後は培養液の濁りが見られ、若干沈殿のような物ができていたので十分に大腸菌も増えていると思われます。

MiniPrepはQIAprep Spin Miniprep Kitを使っています。また得られたDNAにはmutationがかかっていることはシーケンスで確認しています。

どうしてDNAの収量が低かったのか原因がわかる方はいらっしゃるでしょうか?

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