全6件 ( 1 〜 6 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.3563-6 - 2014/11/19 (水) 08:39:03 - ぷろも >UCさん 結局一日かけてSNPを入れました。 ただ、量が膨大でもうやりたくはない作業ですね・・・。 >Harmoniaさん その辺の詳細な点は申し訳ありませんが言えません。 ただPromoter配列がなくなればそれで問題はないです。 その結果コード領域が変になっても構いません。 自動でSNPを入れるプログラムを組むしかなさそうですね。

(無題) 削除/引用 No.3563-5 - 2014/11/19 (水) 08:05:40 - Harmonia > 配列中に存在するプロモーターと予測される配列を除き そして何をしたいのでしょうか？ その遺伝子産物を働かなくしたいのか、コード領域は残したまま転写させない 状態が欲しいのか？ そういう生物を作りたいのか、情報的に処理したいだけなのか。 ゲノムをいじるのかプラスミド等外来遺伝子での話なのか？ 考えていることの全体像を見せてから、 ここを好解決したいので、プロモーター配列を除くことを考えました」 と出てくれば、答えやすいのですが。

(無題) 削除/引用 No.3563-4 - 2014/11/19 (水) 07:47:15 - UC では、予測結合部位にSNPを意図的に入れてみては？

(無題) 削除/引用 No.3563-3 - 2014/11/19 (水) 06:59:14 - ぷろも おおさん 最初はその方向でやってみたのですが、Promoter活性がない配列を挿入した場合でも、後に続く配列と相互作用して新たに予測配列が出来たりの繰り返しでした。deletionも同じです。

(無題) 削除/引用 No.3563-2 - 2014/11/19 (水) 01:55:53 - おお deletionしてしまうのはだめなのか? あるいは、プロモーター活性がないといわれている配列をdeletionしたところにinsertするとか。

配列中のプロモーター 削除/引用 No.3563-1 - 2014/11/19 (水) 01:24:35 - ぷろも お世話になっています。 配列中に存在するプロモーターと予測される配列を除きたいと考えています。対象生物は原核生物のみです。Promoter predictions やBPROMを使って配列を予測しているのですが、効率よく配列からプロモーター配列を除く方法などはあるのでしょうか？バイオインフォマティクスはほとんど知識がなく勉強しているところです。初めての試みのため、ラボにも相談出来る人がいません。どなたかご存知のかたいればご教示お願い致します。

全6件 ( 1 〜 6 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---