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RT-PCRを安く行う方法 トピック削除
No.3549-TOPIC - 2014/11/14 (金) 20:21:53 - りけ子
現在、RT-PCRでRelative Quantificationを測定しています。
Thermal Cycler Cice Real time System（Takara）、ABIのTaqMan Probeを用いています。
予算に限界があり、なんとか安く行いたいと考えています。

アッセイ系は、
Premix Ex Taq（Takara）12.5μL
Taqman Probe（ABI）1.25μL
D2W 9.25μL
Sample 2μL　　　　　　　　　の25μLで行っています。

同じような実験を行っている方、よい方法があれば教えてください。
Premix Ex Taqの良い代替品や、20μLでもよいなど情報あればお願いします。
　
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ありがとうございます 削除/引用
No.3549-6 - 2014/11/15 (土) 15:19:58 - りけ子
いろいろありがとうございます。

10μLでもできるかもしれないんですね。一度、量をふって検討してみます。


他のメーカーの酵素は、Rocheの「ファストスタートTaqmanプローブマスター」がいいかなと思っています。キャンペーンで安いみたいなので。

使用経験ある方みえますか？

(無題) 削除/引用
No.3549-5 - 2014/11/15 (土) 08:02:15 - TI
反応系の液量を減らせるかは装置によるのですが、10ulくらいでもできる装置はあります。
酵素は他のメーカーで安いのはありますし、特に国内のメーカーならサンプルをくれることが多いので、今使用している酵素と比較して遜色なければ切り替えるのも手です。
あと、ProbeはABIのTaqManは高いですが、他の会社でもFAM probeを販売しているので、そちらから入手すると半額以下になります。
ただし、配列が違うので同じ結果になるかは確認が必要です。
もし、TaqMan Probeの配列がわかっていれば、合成してもらうと安いかもしれません。
具体的に社名を書くとまわしものみたいなので、あとは調べてみてください。

(無題) 削除/引用
No.3549-4 - 2014/11/15 (土) 06:11:26 - 独り言
とりあえずTaqman probeはやめてSybr greenにしたら価格はかなり抑えられると思う。

(無題) 削除/引用
No.3549-3 - 2014/11/15 (土) 05:22:24 - おお
ttps://www.thermoscientific.com/content/dam/tfs/LPG/LCD/LCD%20Documents/Application%20&%20Technical%20Notes/Molecular%20Biology/PCR,%20qPCR%20and%20Reverse%20Transcription/D21499~.pdf

ttp://www.protocol-online.org/biology-forums/posts/18008.html

thermoをみるとたぶん96well formatだとおもいますが、さいしょう10ulでやってますね。
下のリンクでは5で挑戦してできたという人がいますが、、、どの程度の精度が担保できるのかは、、、

384well formatだと標準で5ulなんですかね、でもう少し減らせるかもしれません。

さらに1536 well formatもありますが、ほかの面でコストがかかるのかな。。。

(無題) 削除/引用
No.3549-2 - 2014/11/15 (土) 04:58:30 - おお
Taqman Probeは特異性などの面で優れているとはおもいますが、Taqman Probeでないといけないでしょうか?

RT-PCRを安く行う方法 削除/引用
No.3549-1 - 2014/11/14 (金) 20:21:53 - りけ子
現在、RT-PCRでRelative Quantificationを測定しています。
Thermal Cycler Cice Real time System（Takara）、ABIのTaqMan Probeを用いています。
予算に限界があり、なんとか安く行いたいと考えています。

アッセイ系は、
Premix Ex Taq（Takara）12.5μL
Taqman Probe（ABI）1.25μL
D2W 9.25μL
Sample 2μL　　　　　　　　　の25μLで行っています。

同じような実験を行っている方、よい方法があれば教えてください。
Premix Ex Taqの良い代替品や、20μLでもよいなど情報あればお願いします。
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