分子量200前後のPrimerを設計しようと考えているのですが、ゲノムのどこの部位を取っていいのか具体的な設計方法を知りたいです。
例えば、Mus musculus actin, beta (Actb), mRNAの場合であれば
Nucleotide>Graphicsで見ると、多少の遺伝子の相同性はあると思いますが、この場合相同性が一番少なそうなExon:1..73およびExon74..202上にR,Fのプライマーを設計するようにすればいいのでしょうか?
バリアントを含まないように作製すると学習したのですが、どこの部分でも相同性ができてしまうように感じて困っています。
実際にPrimer3の使い方および相同性の確認などは行い方がわかるのですが、Exonが複数ある場合バリアントを考慮するためにどこの部分を見ていいのか今一理解ができてなくご教授いただきたいです。
それぞれからNucleotideの場合、Exon間のIntronの長さというのは見れるのでしょうか?
今、Nucleotideで何番目のExonとExonの間に作るというのを確認した後Ensembleに戻りIntronの長さを確認しているのですが、Nucleotideのこの方法ではExon番号の記載がなくまたNucleotideとEnsembleでのLocationの表記の仕方が異なるのでExonが複数ある場合困っています。 |
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