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(無題) 削除/引用 No.3466-6 - 2014/10/18 (土) 10:07:36 - Masa どうもありがとうございました。ご教授いただいた方法で解決いたしました。

(無題) 削除/引用 No.3466-5 - 2014/10/17 (金) 23:06:45 - qw NCBIのnucleotideで "探したい遺伝子名"[all field] exon[Feature key] biomol-mRNA で、exonのアノテーションの付いているヌクレオチドデータが（存在すれば）拾いだせると思う。

(無題) 削除/引用 No.3466-4 - 2014/10/17 (金) 19:55:20 - ジャスミンティー 私はncbiのPrimer-Blastを使っています。 設計もポジション確認もできて万能です。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

(無題) 削除/引用 No.3466-3 - 2014/10/17 (金) 16:12:59 - おお Ensembel上でエクソン構成がわかるようになっているのでそこで確認すればいいと思います。あるいはゲノム対象にブラストをかけて位置を確認すれば、イントロンをまたいでるかわかります、ただし隣りのエクソンとまたいで設定されている場合はひっかからないです。

既報のプライマーのポジションの確認方法 削除/引用 No.3466-1 - 2014/10/17 (金) 11:41:31 - Masa 論文報告されているプライマーを合成し、定量PCRに使用予定です。論文報告されているのである程度はバリデーションされたものかと思いますが、念のためポジションを確認したいと思っています。特に異なるエクソンを挟んで設計されているか知りたいです。 今使っている方法は以下の通りですが、マニュアル操作のためそれなりに面倒です。他に方法がございましたらご教授お願いします。 1.Ensembelから目的の遺伝子トランスクリプトの配列を表示させる 2.Exon-intronを区別して表示させる。ダウンロードして配列をエクセルにコピペ 3.プライマーの配列をエクセル上で検索 この方法ではイントロンの配列まで出てきて不要な情報が出てきます。 エクソンだけ、且つエクソンの繋ぎ目を含む配列情報を取ってくる方法があれば知りたいです。 よろしくお願いします。

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