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(無題) 削除/引用 No.3458-6 - 2014/10/15 (水) 10:34:42 - TK-1 3Cでやって、XまたはYの欠損細胞で消える。

(無題) 削除/引用 No.3458-5 - 2014/10/15 (水) 08:55:20 - おお カラムでなくともBiacoreのようなものでもできなくはないでしょうけど、量がいるかもしれません。96穴や384穴プレートに加工がなされていて、加工の種類によりビオチンなどを吸着できるという系もあります。

(無題) 削除/引用 No.3458-4 - 2014/10/15 (水) 08:14:45 - インシュレーター ＞おおさま 早速のご返信ありがとうございます。 ゲルシフトとカラム！！ 「ＣＨＩＰで解析して」という命令から、全く思いつきもしませんでした。 自分の未熟さを痛感します。 確かにカラムなら、いける気がしてきました。 ありがとうございます。 ゲルシフトも２色蛍光なら検出可能な気がします。 同時にやってみたいと思います。 本当にありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.3458-3 - 2014/10/15 (水) 07:50:56 - Harmonia 古いペーパーですが、 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8164657 とその後で、どのように証明していますでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.3458-2 - 2014/10/15 (水) 06:35:17 - おお 証明は難しいと思います。フリーのXYコンプレックスがIPでとれたとするなら、それがＢ領域に結合するかもしれませんし、親和性が同じぐらいならAからはずれてBに乗り換える分子もあるのではないでしょうか。 A領域のDNAを何らかの形でレジンに固定して(たとえばDNAにビオチンラベルするとか)XYコンプレックスをトラップして領域Bの配列がカラムにつくかどうかとか。 ゲルシフトでA領域でXYコンプレックスによるシフトができる系を確立してB領域を加えたときスーパーシフトがおこるとか(DNAでスーパーシフトはやられてないでしょうけど、サイズなど工夫するとできるような気がします)。 もし蛍光でゲルシフトがみれるなら、A領域とB領域違う色でラベルして、二色両方が検出されるかどうかというのもいいかもしれません。 ただし、A単独でもA-X-Y-X-Aのコンプレックスができる可能性があり、A-X-Y-Xのバンドを同定する必要があります。単純にうまくいくならダブレットになる可能性ですが、うまくその条件が見つかるかどうか。A-X-Y-XとB-X-Y-Xのコンプレックスのサイズが違えばよりわかりやすいとはおもいます。 XとYが活性のある蛋白として取れるなら、2:1でコンプレックスを作っているとか、2:2でコンプレックスをつくっているとか調べるのも手かもしれません。

ＤＮＡの相互作用をＣＨＩＰで解析する方法 削除/引用 No.3458-1 - 2014/10/15 (水) 06:06:39 - インシュレーター はじめまして 質問させていただきます。 現在ＤＮＡ間のタンパクを介した相互作用について研究しているのですが、 「どのようにＤＮＡがタンパクを介して、再びＤＮＡと相互作用しているのか」 解析する方法が思い浮かびません。 ＤＮＡ（Ａ領域）ータンパクＸータンパクＹータンパクＸーＤＮＡ（Ｂ領域） これをＣＨＩＰで証明することは可能なのでしょうか？ 既に、 ＤＮＡ（Ａ領域）とタンパクＸの相互作用、（ＣＨＩＰで確認） ＤＮＡ（Ｂ領域）とタンパクＸの相互作用、（ＣＨＩＰで確認） タンパクＸとタンパクＹの相互作用（これは一般的に証明されており、細胞の染色で共局在は確認しています。ただし、タンパクＹがタンパクＸと結合する手を2本持っているかどうかはわかっていません） しかし、今まで得られたＤＮＡ配列の変異解析からすると、 ＤＮＡ領域ＡとＤＮＡ領域Ｂは、相互作用している可能性がある可能性があり、 そこをクリアにしないと、結果の解釈が厳しいデータが得られています。 しかしながら、私の頭では、解析するアイディアが浮かびません。 もし解析する方法をご存知の方がおりましたら、おしえていただけないでしょうか？ よろしく御願いいたします。 ＰＳ 私のつたない頭で考えたのは、 �@ＤＮＡ（Ａ領域のみ）をトランスフェクション �AタンパクＸでＩＰ（タンパクＹでＩＰ） �B試験管内で�AとＤＮＡ（Ｂ領域）を混ぜ合わせ �CタンパクＹでＩＰ �DＣＨＩＰで、ＤＮＡ領域ＢおよびＡ領域が検出できれば証明可能か？ 程度です。 （できるかどうかも問題ですが、この方法で果たして証明できるのでしょうか・・・・）

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