Bio Technical フォーラム

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(無題) 削除/引用
No.3456-2 - 2014/10/14 (火) 20:47:47 - おお
意図した開始コドンから始まらないと言うことはあるかと思いますが、だからといって、タグを飛ばして始まっているとも限らないので、特異的抗体で確かめるべきではないでしょうか。ただWBは検出感度がいいのでng以下でも検出できるというのは把握しておくべきです。

tagに対しての抗体はポジコンを同時に流しましたでしょうか?

もしSD配列をいじってないなら、高次構造による阻害かもしれません。あとタグがSD配列として機能してしまっているなら、ATGが近すぎるかもしれません。

典型的な例でSD配列から10ベースぐらい離れてATGがあると効率がいいようですが、20ベースはなすと効率がかなり落ちるということもあるのでタグで距離が出ているとどうなんでしょう、、、そこで始まる可能性は。

開始メチオニンについて 削除/引用
No.3456-1 - 2014/10/14 (火) 19:17:24 - okam
大変お世話になっております。

ある遺伝子のコード領域のN末端にエピトープタグをknock-inを行いました(本来の開始コドンの直前に”開始コドン+エピトープ配列”を挿入)。
エピトープタグの挿入自体は該当領域のgenome PCRとpBluescriptへのクローニングからのシークエンスで確認できております。もちろん、in-frameでもあります。

しかし、タンパク質レベルで、エピトープタグの抗体によるWBによって発現確認ができず困っております。分解の可能性も疑ったのですが、25kDa-300kDaくらいまで、knock-inしていないコントロールと差がありません。

その遺伝子本来の開始コドンは開始コドンとしての役目を果たしていないと考えたいのですが、他方で、エピトープタグに付加してある開始コドンを読み飛ばして、遺伝子本来の開始コドンから翻訳が行われる可能性はないのか、とも考えております。
そこで現在は、遺伝子本来の開始コドンを除去する形でのknock-inを考えております。

発現ベクターのコンストラクションなども含め、こういった開始メチオニンを残した形での数アミノ酸のN末端付加について、同じような経験をお持ちの方がいらっしゃいましたら、ご教授いただきたく思います。

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