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フラグメント解析の立ち上げとGeneMapperの機能・代替品について トピック削除
No.3451-TOPIC - 2014/10/10 (金) 20:33:28 - うみさ
フラグメント解析用設備について，理解が追いつかない部分があるため質問させてください．
ABIの3130xl Genetic Analyzerでマイクロサテライトを対象としたフラグメント解析をしたいと考えています．私の所属する施設の機器ではこれまでシーケンシングしか行っておらず，解析環境を新しく立ち上げる必要があります．
現在のABIマシーンでは50cmキャピラリーとPOP7ポリマーを使用しています．また，フラグメント解析の際のサイズスタンダードには600LIZを，蛍光ラベリングに6-FAM，VIC，NED，PETを使用する予定です．
質問は次の３点です．

（１）新たにフラグメント解析を行う準備として，蛍光の種類に対応した波長変換用（？）フィルターとMatrix Standardを用意すればよいのでしょうか．
本来はメーカーに問い合わせるべきだと思いますが，その前に大まかな流れを知っておきたいので，立ち上げの経験をお持ちの方がいらっしゃいましたらお話を伺いたいです．

（２）GeneMapperを使わずに生データが取得可能でしょうか．
予算の関係で高価なGeneMapperを使わずにサイズ決定を行いたいのですが，例えばGeneMapperが入っていないと電気泳動自体ができない，電気泳動をしても結果を見ることができないということはありますか（サンプルシートが作れない，解析条件が設定できない，fsaファイルが生成されないなど）？

（３）GeneMapperの代替品として使用可能と謳っているソフトウェアがあるのですが，実際に利用された経験のある方はいらっしゃいますか．
GeneMakerなどのソフトウェアがあるようですが，仮にGeneMapperがなくても生データの取得が可能な場合，対立遺伝子のサイズを決定するところまで持っていける代替ソフトがあれば教えてください．もしくは手間がかかったとしても，PeakScannerがあれば生データ→サイジングは可能なのでしょうか．

どうぞよろしくお願いいたします．
　
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(無題) 削除/引用
No.3451-3 - 2014/10/15 (水) 09:41:30 - うみさ
bluehornet様，

ご回答頂きありがとうございます．

>予定されているdye setはG5ですね。これに対応したDS-33のMatrix Standardとモジュールファイルがあれば大丈夫だったはずです。

CCDにかぶせるフィルターのようなものが必要だと思っていましたが，とくにそういったものはないのですね．勘違いしておりました．恥ずかしながらMatrix Standardが何者かもよく分かっていなかったのですが，webで説明書を見たところ５色の蛍光が異なる長さのフラグメントに付いただけのものというようですので，モジュールファイルとMatrix Standardの役割がなんとなくですが，理解できたような気がします．

>あくまでABI310の話ですが、データ自体は生データが出てきてそれを解析ソフトに読み込ませる仕様なのでGeneMapperは必須ではないです。実際に僕の場合はABI310につながっているWinからデータファイル「xxx.fsa」をフォルダごとふるーいMacに移して、これまたふるーい「GeneScan® 3.1」というソフト（ABI純正）で解析しています。

たいへんありがたい情報です．電気泳動そのものにGeneMapperが必須であれば，予算的にも所有のシーケンサーでフラグメント解析をスタートするのは非現実的だったのですが，希望が見えてきました．


貴重な情報をいただきありがとうございました．

(無題) 削除/引用
No.3451-2 - 2014/10/14 (火) 13:33:42 - bluehornet
共同利用機器を使っているだけなので詳しくはありませんが、日常的にABI310でフラグメント解析をしているので、わかる部分だけ答えさせて頂きます。

>（１）新たにフラグメント解析を行う準備として，蛍光の種類に対応した波長変換用（？）フィルターとMatrix Standardを用意すればよいのでしょうか．

予定されているdye setはG5ですね。これに対応したDS-33のMatrix Standardとモジュールファイルがあれば大丈夫だったはずです。ABI310の場合は「GS STR POP4 (1 mL) G5v2」というファイル名ですのでABI3130xl用のPOPに対応したモジュールファイルがあると思います。

>（２）GeneMapperを使わずに生データが取得可能でしょうか．

あくまでABI310の話ですが、データ自体は生データが出てきてそれを解析ソフトに読み込ませる仕様なのでGeneMapperは必須ではないです。実際に僕の場合はABI310につながっているWinからデータファイル「xxx.fsa」をフォルダごとふるーいMacに移して、これまたふるーい「GeneScan® 3.1」というソフト（ABI純正）で解析しています。測定中にデータを確認したいときだけGeneMapperを使っています。

（３）については申し訳ありませんが、経験がないのでわかりません。

はるかに詳しい人たちがこのフォーラムに目を通しているはずなので、もう少し待てばもっと適切なアドバイスをしてもらえると思います。

フラグメント解析の立ち上げとGeneMapperの機能・代替品について 削除/引用
No.3451-1 - 2014/10/10 (金) 20:33:28 - うみさ
フラグメント解析用設備について，理解が追いつかない部分があるため質問させてください．
ABIの3130xl Genetic Analyzerでマイクロサテライトを対象としたフラグメント解析をしたいと考えています．私の所属する施設の機器ではこれまでシーケンシングしか行っておらず，解析環境を新しく立ち上げる必要があります．
現在のABIマシーンでは50cmキャピラリーとPOP7ポリマーを使用しています．また，フラグメント解析の際のサイズスタンダードには600LIZを，蛍光ラベリングに6-FAM，VIC，NED，PETを使用する予定です．
質問は次の３点です．

（１）新たにフラグメント解析を行う準備として，蛍光の種類に対応した波長変換用（？）フィルターとMatrix Standardを用意すればよいのでしょうか．
本来はメーカーに問い合わせるべきだと思いますが，その前に大まかな流れを知っておきたいので，立ち上げの経験をお持ちの方がいらっしゃいましたらお話を伺いたいです．

（２）GeneMapperを使わずに生データが取得可能でしょうか．
予算の関係で高価なGeneMapperを使わずにサイズ決定を行いたいのですが，例えばGeneMapperが入っていないと電気泳動自体ができない，電気泳動をしても結果を見ることができないということはありますか（サンプルシートが作れない，解析条件が設定できない，fsaファイルが生成されないなど）？

（３）GeneMapperの代替品として使用可能と謳っているソフトウェアがあるのですが，実際に利用された経験のある方はいらっしゃいますか．
GeneMakerなどのソフトウェアがあるようですが，仮にGeneMapperがなくても生データの取得が可能な場合，対立遺伝子のサイズを決定するところまで持っていける代替ソフトがあれば教えてください．もしくは手間がかかったとしても，PeakScannerがあれば生データ→サイジングは可能なのでしょうか．

どうぞよろしくお願いいたします．
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