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(無題) 削除/引用 No.3443-6 - 2014/10/09 (木) 19:34:45 - リファレンス迷い >emaさん 返信ありがとうございます。 GSE952の生データをRで解析しようと思っていた所（初めてなので某書を読みつつですが）、NCBIがGEO2Rというweb上の解析サービスを出していたので、ウェブ上で簡単なR解析ができれば楽だなと思った次第です。（GEO2Rは生データと違うデータが出てくるので正規化はされているようですが確認してないです） ただ、このGEO2R、統合TVを見ても詳しい所が分からず？となって質問しました。（標準化がされているのかは微妙です。閾値も設定できるのか不明。試しに解析してみたところ変化のない遺伝子P=1.00にActbのスポットが上がっていましたが数値を見る限りアレイのスポットに結合していないだけのただのバックグラウンド値に見えました。） ＞おおさん GEO2Rが標準化されたデータなのかどうかちょっと調べてみます。（正規化はされているように思うのですが） 今回の目的ですと、やっぱりソフトに取り込むほうが早そうですね。 まずそっちをやってみます。

ノーマライズは 削除/引用 No.3443-5 - 2014/10/09 (木) 15:27:19 - ema >GSE952 とありましたので、ダウンロードしてみました。 見た限りでは生データの羅列だと思います。とはいえAffymetrixのいい所はここまでのデータである程度の比較ができるところです。 が、2004年のデータですとまだ、製品上アレイ間での差異がでている時代で（今の製品は結構安定してます）すので、アレイ間補正を行った方が良いかと思います。 CELファイルもCHPファイルも落とせるのでGeneSpringでもArraySterでもなんでもいいのですが、アレイデータのノーマライズを行って比較してください。 GAPDHのデータは自分が出していただ時も異なる印象があるので、18S（うーんこのアレイにはのってなかったですね）とかの方がまだ差がすくなかったような記憶がありました。

(無題) 削除/引用 No.3443-4 - 2014/10/08 (水) 15:29:09 - おお ちょっとあまり使わないので具体的にいえないのですけど、アレー解析ができるソフトでデーターを取り込んでからglobal standardization とかしないと比較できないような気がするのですが、、、

(無題) 削除/引用 No.3443-3 - 2014/10/08 (水) 14:32:34 - リファレンス迷い GSE952はプラットフォームにAffymetrix Rat Genome U34 Arrayとのみ書いてあったので、アレイシステムに違いはないと考えました。 また、Expression Value表示をされているので正規化されていると考えたのですが、自信はありません。

(無題) 削除/引用 No.3443-2 - 2014/10/08 (水) 05:55:11 - おお >[Re:1] リファレンス迷いさんは書きました : > 次に、リアルタイムのリファレンスgeneを決定しようと、Gapdh,ppia,Hprt,actbを見ました。結果サンプル間にリファレンスの発現量差が10〜70倍存在する、というデータでした。 アレー間でシグナルの強さが違うというだけじゃないのでしょうか、、、

マイクロアレイデータの見方 削除/引用 No.3443-1 - 2014/10/08 (水) 00:06:31 - リファレンス迷い マイクロアレイデータの見方について質問です。 目的は単にリアルタイムPCRの為の予備調査とリファレンスgene探しです。 「Xという遺伝子のラットでの組織別発現」をまず見たいので、 NCBIサイトからGSE952を見て（ラット種を限定し）GEO2Rでその遺伝子の組織別発現を見ました。 ●まず、確認したいのですが、GEO2Rは正規化されたデータを出しているのでExpressionValueと表示されている。という認識でよかったでしょうか？ 次に、リアルタイムのリファレンスgeneを決定しようと、Gapdh,ppia,Hprt,actbを見ました。結果サンプル間にリファレンスの発現量差が10〜70倍存在する、というデータでした。 ●リアルタイムPCRのリファレンス選びはマイクロアレイで変動の少ないgeneを選ぶという認識でしたが（羊土社「リアルタイムPCR完全ガイド」）、とすると、ラットの広範囲な組織別発現比較が可能になるようなリファレンスは現状存在しないということでしょうか？ ●或いは組織毎に「組織特異的な高発現遺伝子A（orBorC,,,,）に対しgeneXはこれくらい」といった表現しかできないのでしょうか？？ ●アレイデータの見易い（使いやすい）サイトがあれば教えて下さい。

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