Bio Technical フォーラム

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リアルタイムPCRをかけるときのRNAの取り扱い トピック削除
No.3424-TOPIC - 2014/10/02 (木) 17:17:29 - moon
いつも勉強させて頂いています。

最近、リアルタイムPCRを使わせて頂けるようになりました。
初心者なので初歩的な質問でお恥ずかしいのですが、先生方は細胞から抽出したRNAをワンステップでリアルタイムPCRにかけるときは氷上で作業なさってますか?

私を教えてくれた先生は特に作業は氷上でやるように言っていませんでしたが(試薬類は氷上、プレートに分注する為の希釈とウェルへの分注はデスク上)、別の先生の実験をお手伝いした際には試薬、RNAは全て氷上に置き、プレートも氷上におき、サンプルを分注するように言われました。
どちらの先生が言っていることが正しいのでしょうか?

それともう一つ質問なのですが、RNAはそんなに壊れやすいですか?
ある先生が凍結保存していたRNAを私が同じようにリアルタイムPCRにかけたところdissociation curveのピークが単一にならず、私の取り扱いが悪い為だと言われました。
確かに実験に2ー3時間かかりましたが、その間はずっと氷上においておりました。

同じラボでやり方が違う先生がいるので初心者の私は誰のやり方に合わせればいいかわからなくなり、質問させていただきました。

人によって、ラボによって流儀が違うことは重々承知しておりますが、最低限のマナーとルールを教えて頂けると幸いに存じます。
お忙しいところ恐縮ですが、ご教授よろしくお願いします。
 
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8件 ( 1 〜 8 )  前 | 次  1/ 1. /1


勉強になります 削除/引用
No.3424-9 - 2014/10/03 (金) 08:43:42 - moon
なるほど、そうすると水の混入の心配減りますね!
今日からどうやって実験するのが、やりやすいか悩んでいたので嬉しいです。
コメントありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.3424-8 - 2014/10/03 (金) 08:39:21 - Harmonia
ちょっと高価ですが、アルミのラックを氷で冷やしたものを使うと、氷が融けた
水滴が混入しにくくて良いです。
余っているなら、ヒートブロックのラックを一時的に貸してもらうとか。

ありがとうございました 解決済み 削除/引用
No.3424-7 - 2014/10/03 (金) 02:44:15 - moon
先生方から沢山のコメント頂けて光栄です。
各先生方にではなく、この場でまとめてお礼申し上げる失礼お許し下さい。
先生方のコメントを拝見し、今後は全ての作業を氷上で行なおうと思いました。

今迄は作業はデスク上で行っていて問題なかったのですが(dissociation curveも単一ピーク)、今回はサンプル数が多く時間がかかるなどした為か、dissociation curveが乱れてしまい作業確認を行った結果、作業は氷上かデスク上かということになり、質問させて頂いた次第です。

本当にありがとうございました。
先生方の益々のご活躍をお祈りしております。

(無題) 削除/引用
No.3424-6 - 2014/10/03 (金) 01:53:05 - おお
そのプライまーセットでdissociation curveのピークが単一になることが分かっていますか? なんどやっても単一になりませんか?
まあほぼすべてを4度(on ice)で調製などした方がベターですが、具体的解決策かどうかはわかりません。

(無題) 削除/引用
No.3424-5 - 2014/10/02 (木) 18:42:51 - 独り言
RNAが分解されているとしたら、RNAseがコンタミしないように気をつける箇所を考えた方がいいと思いますが、
質問に答えるならば、とりあえず4度で全部扱うほうが無難でしょう。

(無題) 削除/引用
No.3424-4 - 2014/10/02 (木) 18:02:47 - papa
コンタミに注意して氷上で冷やして行っています。

>dissociation curveのピークが単一にならず、私の取り扱いが悪い為だと言われました。

言いがかりのような気がしますので,気にしない方がよいと思います。

(無題) 削除/引用
No.3424-3 - 2014/10/02 (木) 17:53:32 - AP
小学校の試験問題じゃあるまいし、まるばつ式でどっちが正解ということはないと思います。ちゃんと実験が上手くいって、再現性のある結果がコンスタントに得られるなら、ラボそれぞれ、ひとそれぞれでいいんじゃないの。
でも、だれかの指示、指導のもとにやっているなら、指導者に従うのが当然。指導する立場の人達には、ひとそれぞれ(それで再現良く実験がうまくいっているという実績をもとに)というのが当てはまるとしても、指導されるあなたの立場では選択の余地はありません。

第一、一概に氷に浸けているから(いないから)うまくいく(うまくいかない)というものでもないです。操作を手早くできると冷やす必要はないけど、もたもたしているとか、処理数が多くて時間がかかるとかなら反応開始直前まで冷やしておかないといけない、ということもあるかもしれません。氷上で調製すると事故によるコンタミのリスクが格段に高くなるので、やりたがらないのかもしれません。

スジを言えば、反応開始直前まで冷やして、反応(意図しない副反応)が起こりにくいようにするというのが原則です。冷やすというのはなにもRNAの分解を防ぐためではないはずです(というか、調製中にRNAが分解するほどRNaseがコンタミしているなら、冷やしたってムダ)。

リアルタイムPCRをかけるときのRNAの取り扱い 削除/引用
No.3424-1 - 2014/10/02 (木) 17:17:29 - moon
いつも勉強させて頂いています。

最近、リアルタイムPCRを使わせて頂けるようになりました。
初心者なので初歩的な質問でお恥ずかしいのですが、先生方は細胞から抽出したRNAをワンステップでリアルタイムPCRにかけるときは氷上で作業なさってますか?

私を教えてくれた先生は特に作業は氷上でやるように言っていませんでしたが(試薬類は氷上、プレートに分注する為の希釈とウェルへの分注はデスク上)、別の先生の実験をお手伝いした際には試薬、RNAは全て氷上に置き、プレートも氷上におき、サンプルを分注するように言われました。
どちらの先生が言っていることが正しいのでしょうか?

それともう一つ質問なのですが、RNAはそんなに壊れやすいですか?
ある先生が凍結保存していたRNAを私が同じようにリアルタイムPCRにかけたところdissociation curveのピークが単一にならず、私の取り扱いが悪い為だと言われました。
確かに実験に2ー3時間かかりましたが、その間はずっと氷上においておりました。

同じラボでやり方が違う先生がいるので初心者の私は誰のやり方に合わせればいいかわからなくなり、質問させていただきました。

人によって、ラボによって流儀が違うことは重々承知しておりますが、最低限のマナーとルールを教えて頂けると幸いに存じます。
お忙しいところ恐縮ですが、ご教授よろしくお願いします。

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