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ライゲーションの計算についてです トピック削除
No.3415-TOPIC - 2014/09/30 (火) 21:58:05 - ああ
いつもお世話になっております。
ライゲーションの計算についてお聞きします。初歩中の初歩で申し訳ありません。
今度の学生実験で、ライゲーションを行うこととなりました。
インサート：ベクター＝3:1にしたいのでしすが、計算がうまくいかず困っております。
詳細としましては、ベクターが50ng/μl、3000bpで、インサートが3ng/μl、800bpとなっています。調整量をベクター0.5μlと固定しtotal量を4.0μl（MilliQ等でメスアップ可）にしたいときはインサートを何μl入れれば良いのでしょうか。初めて行うため参考文献やネット上で調べていますが、どれを使ってもうまくいきません。よろしければ計算方法から教えて頂けませんでしょうか。ご回答お待ちしております。
　
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(無題) 削除/引用
No.3415-7 - 2014/10/01 (水) 14:49:47 - おお
>[Re:4] おおさんは書きました :
> 割り切れやすい近い数字をつかって暗算すればだいたい2.5ulです。
>
> こんがらがっているなら、25ngで何対何になるか、1:1の時にインサートがどれくらいか計算したらいいんじゃないか。
>
> もっと単純にいうと3000bpと800bpならば、3000ngにたいして800ngあれば1:1。
>
> きっと読んでて恥ずかしくなるレベルだと、、、なので回答もきがひけるんだが

あ、3:1か、、、ってどこがまちがえてるかわかるよね。

(無題) 削除/引用
No.3415-6 - 2014/10/01 (水) 08:51:29 - mo
学生実験ということなので、計算方法はテキストに記載があるかインストラクターが説明していると思うのですが。
おそらく、インサートを何らかの方法で精製したけど、インサートの濃度が非常に低かったというのが問題なのでしょう。
実際にやるなら再度取り直すか濃縮する、もしくはインサートの量に合わせてベクターの量を減らしたりもします。
今回は学生実験ということもあるので、正しい計算をしたものを見せて、インストラクターの指示を仰ぐのが正解だと思います。

(無題) 削除/引用
No.3415-5 - 2014/10/01 (水) 07:52:53 - Harmonia
うまくいかない、っていうのは、総量が4.0 ulを超えるということですね？

(無題) 削除/引用
No.3415-4 - 2014/09/30 (火) 23:23:28 - おお
割り切れやすい近い数字をつかって暗算すればだいたい2.5ulです。

こんがらがっているなら、25ngで何対何になるか、1:1の時にインサートがどれくらいか計算したらいいんじゃないか。

もっと単純にいうと3000bpと800bpならば、3000ngにたいして800ngあれば1:1。

きっと読んでて恥ずかしくなるレベルだと、、、なので回答もきがひけるんだが

(無題) 削除/引用
No.3415-3 - 2014/09/30 (火) 23:19:30 - 小言幸兵衛
「計算がうまくいかない」とはどういうことでしょうか？

計算がどうなることを「うまくいく」、どうなることを「うまくいかない」と言うのか、まずはそこから説明していただけませんか。

(無題) 削除/引用
No.3415-2 - 2014/09/30 (火) 23:01:43 - 小児科医師（ゆとり教育）
Ligation Calculator
http://www.insilico.uni-duesseldorf.de/Lig_Input.html

ここでいろいろやってみればわかると思います。

ライゲーションの計算についてです 削除/引用
No.3415-1 - 2014/09/30 (火) 21:58:05 - ああ
いつもお世話になっております。
ライゲーションの計算についてお聞きします。初歩中の初歩で申し訳ありません。
今度の学生実験で、ライゲーションを行うこととなりました。
インサート：ベクター＝3:1にしたいのでしすが、計算がうまくいかず困っております。
詳細としましては、ベクターが50ng/μl、3000bpで、インサートが3ng/μl、800bpとなっています。調整量をベクター0.5μlと固定しtotal量を4.0μl（MilliQ等でメスアップ可）にしたいときはインサートを何μl入れれば良いのでしょうか。初めて行うため参考文献やネット上で調べていますが、どれを使ってもうまくいきません。よろしければ計算方法から教えて頂けませんでしょうか。ご回答お待ちしております。
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