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(無題) 削除/引用 No.3275-8 - 2014/08/06 (水) 20:14:03 - PolyA mon様 ご教授いただきまして、ありがとうございます。 PolyAシグナルについて少し理解が深まりました。 頂いた情報も基に再度検索したところ、 過去トピにて以下の記載を見つけました。 [poly A付加促進配列]-AATAAAコンセンサス-polyA付加部位-poly A付加促進配列=mRNA切断誘導配列-[転写停止配列]ー転写終結配列(数100bp~数kbp) となっているようです。転写終結は複数箇所でダラダラと起こるようです。 [ ]は遺伝子によって発見されていない（調べられていない）配列です。 AATAAA＋約10bpが残っているとどのようになってしまうのでしょうか。 ポリAが付加されるが切断されず、 だらだら転写が続くと思っていいのでしょうか。 もしそうだとすればAATAAAが残っていても、 転写終結配列がなくなっていれば、 レトロが想定通りに働いてくれる「かも」と思えてきました。 おお様 polyA signal predictionでご提示いただいたサイトや他のサイトが思いの外簡単に見つかりました。 ご教示いただいたものとは別のサイトで配列を入力したところ、 Predictionサイトとしてヒットしました。 また、Hpa1切断部位までにしたところ、 ヒットしなくなり、 もしかすると運よくPolyAシグナルがワークしなくなるかもしれない様です。 勉強になりました。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.3275-7 - 2014/08/06 (水) 19:08:33 - mon PolyAシグナルは、AATAAA配列と切断部位、転写終結（転写停滞）配列から成るようです。 転写終結配列には決まった配列がない様（ある程度の類似性はある）で、AATAAA配列の１kb後方で転写終結する配列もあるそうです。 転写終結（停滞）配列はAATAAA配列の3'側にありますが、AATAAA配列の5'側の配列もRNAの切断・polyA付加の効率に影響することもあるそうです。

(無題) 削除/引用 No.3275-6 - 2014/08/06 (水) 17:37:33 - PolyA おお様 ありがとうございます。 そのようなものがあるとは思っていませんでした。 探してみようとおもいます。

(無題) 削除/引用 No.3275-5 - 2014/08/06 (水) 15:38:22 - おお webツールでなくてもPCにインストールしてつかうDNA解析ソフトなんかでもそう言うのはいっているようなきがしますよ。

(無題) 削除/引用 No.3275-4 - 2014/08/06 (水) 15:09:26 - おお 使ったことはないのですが、polyA siteのpredictionをしてくれるものは探せば簡単に見つかるでしょうし、そういうところで削った配列(その辺り10ベースぐらいでも)をいれてみて、polyA siteとして認識されなければ、たぶん大丈夫だろうということです。

(無題) 削除/引用 No.3275-3 - 2014/08/06 (水) 14:36:45 - PolyA おお様 ありがとうございます。 説明書に記載されているPolyAシグナル全体(約130nt)を含むように約300nt分入力しても、 Positiveサイトなしとでてしまい、 正しい使い方がわかりませんでした。 改めて質問なのですが、 その説明書に記載されているPolyAシグナル全体(約130nt)を見てみると、 AATAAAの配列が見つかりました。 これが抜ければPolyA付加されないことになると考ていいのでしょうか。 (前述の酵素では残念ながら抜けない) この考えが正しいなら、 なぜ説明書にはPolyAシグナルとして約130ntも記載しているのでしょうか。 大変基本的なことだとは思いますが、 ご教授いただけますと幸いです。

(無題) 削除/引用 No.3275-2 - 2014/08/06 (水) 00:34:07 - おお http://www.imtech.res.in/raghava/polyapred/help.html

PolyAシグナルの部分切断の可否、レトロウイルスベクター内にて 削除/引用 No.3275-1 - 2014/08/05 (火) 18:11:10 - PolyA たびたびお世話になっております。 PolyA signalについて質問させてください。 pSIRENというレトロウイルスベクターのPuromycin resistance gene部位を別のタンパクの遺伝子に置き換えようと思っております。 当初、私の不勉強により目的の遺伝子ORFだけでなく、polyAシグナルもついたまま入れてしまいました。 このpolyAシグナルを除きたいのですが、 目的遺伝子のORFとpolyAの間に使えそうな制限酵素部位がありません。 しかし、polyAシグナルの中腹辺りに1つHpa1部位がありました。 このHpa1とpolyA後にある制限酵素部位を使ってPolyAシグナルの後半約半分を取り除いてしまうことで、 PolyAシグナルを働かなくすることはできるのでしょうか。 とても横着なことは、重々承知いたしております。 ご意見をお聞かせいただければと思います。 よろしくお願いいたします。

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