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多謝 削除/引用 No.3266-4 - 2014/08/05 (火) 02:26:15 - インフォ初心者 返事が遅れてしまって申し訳ありません。小生、英語があまり得意ではなくご指摘いただいたHPの理解に時間がかかってしまっていました。 ＞bluehornet 様 分野外にも関わらず、イチマスターコース学生の質問にご返信いただき大変うれしく思います。bluehornet様のような方が次世代の研究者を引っ張って行ってくれるのでしょうね。 ＞初心者様 3つとも試してみたのですが、一番いい（自分の目的に相応しい）のはDAVIDというものでした。RomoatやBiostarもシンプルで使いやすかったのですが、 DAVIDが一番汎用性がありました。Illumina-seqタグだけではなく、様々なFormatに対応しているし、アウトプットの種類も多かったので、これが一番良かったです。ただ、多少複雑だったので理解に苦しみました（汗）なんとか、今GSEAソフトにぶち込んで1例だけですが解析できました。これから、コンスタントにいろんなデータセットを解析していきたいと思います。ボスに実験しろ（ベンチでピペットワークをモットしろ）を怒られるかもしれませんが…（汗汗） 重ね重ねになりますが、ほんとうにお二方の素早いレスポンスに感謝申し上げます。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.3266-3 - 2014/08/04 (月) 17:52:56 - 初心者 この辺りとか使えたりする？ david.abcc.ncifcrf.gov/conversion.jsp remoat.sysbiol.cam.ac.uk/search.php www.biostars.org/p/22/

(無題) 削除/引用 No.3266-2 - 2014/08/04 (月) 17:22:51 - bluehornet 僕自身には縁のない領域なので全く答えようがないのですが、 「ライフサイエンスＱＡ」　http://qa.lifesciencedb.jp/ で質問すれば、適切なアドバイスが返ってくるんじゃないかと思いますよ。

RNAシーケンスデータのタグの一括変換方法 削除/引用 No.3266-1 - 2014/08/04 (月) 16:35:56 - インフォ初心者 今私はバイオインフォマティクスを使って、ある癌に関してRNA発現パターン解析しようとしています。その際にやりたいと思っていることは １：WEB上にあるRNAシーケンスデータ（GEO等）を取得する ２：それをCluter tree解析をする ３：同時にGene set enrichement analysis (GSEA)をやって関連性を見る 問題は３なのですが、いろんなデータを取得できるのですが、ものによってはイルミナシーケンスだったり、ソリッドシーケンス、またはアジレントマイクロアレイだったりと、遺伝子名を関連付けるIDタグがそれぞれ違って、GSEAをする際に比較できなくて困っています。研究室はWET主体の研究室であまり詳しい先輩がおらず、できたとしてもコメントが‘一つ一つNCBIのGeneで調べて手直しするんだよ‘という感じで、そんなことをしていたら修士課程中全部が遺伝子の名前を変えて、比較するだけになってしまいます。 誰かこの手の仕事に詳しい方が居ましたら、どのようにやっているのかご教授願いたいと思います。皆様がお仕事で忙しい中、わざわざ教えていただくのは心苦しいですが、どうか駆け出しの大学院生を助けてください。よろしくお願いします。

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