Bio Technical フォーラム

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短いイントロンの挿入 トピック削除
No.3219-TOPIC - 2014/07/15 (火) 20:17:26 - AAA
はじめまして。ｍＲＮＡの実験をしています。

今回、とある細胞からＲＮＡを抽出し逆転写後ＰＣＲを行いシーケンス解析を行ったところ、エクソンの間に１００ｂｐほどの短いイントロンが残ったままの配列が得られました。

入っているイントロンの配列がゲノムのものよりも短く、他のエクソン間ではイントロンの挿入が見られないためゲノムの混入ではないと思っています。

このような現象はいったいなんなのでしょうか？
さっぱりわからず困っています。ご教授よろしくお願いいたします。
　
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No.3219-9 - 2014/07/16 (水) 13:03:57 - おお
考えている遺伝子の反対のstrandからできるtranscriptの可能性は否定できますか。

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No.3219-8 - 2014/07/16 (水) 10:32:27 - AP
そこでスプライシングされる可能性のあるドナー、アクセプター配列があるかどうか、確認してみましたか。正統的なコンセンサス配列で無いけれど、特定の条件でのみスプライスされるcrypticなスプライスサイトというものもありますよ(たとえば昆虫などの性決定遺伝子)。

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No.3219-6 - 2014/07/16 (水) 09:18:26 - mon
訳のわからない配列は、まずはおおさんの指摘のDBを探したり、BlastN検索かけるのが一般的でしょう（ゲノム配列が明らかな種、その近縁種の場合）。
100bpの配列の配列を検索かけると、mRNAの配列があたる＝altanative splicing productの可能性、pseudogene mRNAの可能性
目的遺伝子のintronに相当するゲノム配列があたる＝DBにないaltanative splicing productの可能性、ゲノムDNA (pseudogene) 由来の可能性、PCR errorによるゲノム配列の混入
全く関係ない配列の場合、transposon様配列の挿入とか.....(その固体特有とか、今回は関係ないが出来の悪い大腸菌cDNA libraryだとあり得る）。

まずは、altanative splicing productかpseudogene由来かを検討しては。

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No.3219-5 - 2014/07/15 (火) 23:32:13 - おお
従来のintron-exonの境界の配列はどうなってますか?

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No.3219-4 - 2014/07/15 (火) 23:30:10 - おお
おもしろそうですね。その配列はほかのクローンとかでも頻度に見られますか? PCRで得られたバンドのサイズと一致しますか? そのintron部位にプライまーを設定して違うイントロンをまたいでもう一方のプライまーを設定してPCRがかかりますか。RNA のソースはなんですか?
http://www.ensembl.org/index.html ここで同様のtranscriptsが見つかりませんか?
全く理由がわからないのは何か特別な理由があるのでしょうか?

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No.3219-3 - 2014/07/15 (火) 22:52:37 - ぺーぺー
クローニングしたんですよね？
とりあえず、他のクローンでどうかを確かめてみればどうでしょうか？

さっぱりわからないとおっしゃりますが、可能性は沢山あるとおもいます。
ご指摘のゲノムの混入も否定しきれません。
もしかしたら大変なチャンスなのかもしれませんが、多くの場合考えるだけ無駄です。

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No.3219-2 - 2014/07/15 (火) 21:10:47 - qw
おもしろそうですね。
スプライスバリアントやSNPの影響などを考えてはいけない理由があるのですか？
いずれにしろ、証拠をもう少し集めればよいと思います。
＞さっぱりわからず困っています。
そんなことはないでしょ？

短いイントロンの挿入 削除/引用
No.3219-1 - 2014/07/15 (火) 20:17:26 - AAA
はじめまして。ｍＲＮＡの実験をしています。

今回、とある細胞からＲＮＡを抽出し逆転写後ＰＣＲを行いシーケンス解析を行ったところ、エクソンの間に１００ｂｐほどの短いイントロンが残ったままの配列が得られました。

入っているイントロンの配列がゲノムのものよりも短く、他のエクソン間ではイントロンの挿入が見られないためゲノムの混入ではないと思っています。

このような現象はいったいなんなのでしょうか？
さっぱりわからず困っています。ご教授よろしくお願いいたします。
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