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体重やヒストロジースコアの計時変化と生存率 トピック削除
No.3204-TOPIC - 2014/07/09 (水) 05:22:11 - ほし
基本的なことですみませんが教えてください。

マウス(10匹ほど)に薬剤を投与して体重の変化を毎日測定しています。薬剤の作用で体重が減っていくのですが、体重が減っていきマウスが死ぬとマウスの体重の平均値が上がり、回復していくようなグラフになってしまいます。実際は薬剤の作用で体重が減り続けていくので、それをわかりやすい形で見せたいのですが、どうするのが一般的でしょうか。

例えば、がん細胞を移植したマウスの腫瘍細胞は日に日に大きくなりますが、腫瘍が大きくなるとマウスは死んでサイズの平均は小さくなるかと思うのですが、そういう場合、グラフではどう表示しているか、と思ったのですが。
ご存知でしたら教えてください。
 
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No.3204-16 - 2014/07/13 (日) 14:10:39 - おお
vしつれいしました。文献をチェックしないでかってな思い込みでコメントをかいてました。

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No.3204-15 - 2014/07/12 (土) 07:45:58 - ほし

その論文は、体重変化を一匹ずつ曲線回帰して、それをもういちど回帰して実験群と対照群を比較しているので、実験開始から実験終了までのnはかわっていないと思います。(多分。。。)
それと、論文中では「poly」としか書いていないと思うので何次かはちょっとわからないです。

(無題) 削除/引用
No.3204-14 - 2014/07/12 (土) 05:00:51 - おお
>[Re:12] ほしさんは書きました :

> 体重を回帰しているので死んだマウスはもっと小さくなったマウスとして死んだ後もモデルの中に含まれているのかな、と思うのですが、合ってますか???モデル化の部分はは理解するのにもう少し時間が必要そうです。。。



その時サンプリングしたnが違うだけのことだと思いますが、、、

線形、非線型の区別がつかないですが、ようはフィットするであろう曲線の関数を使いその関数の定数を導き出すわけですから。3次とか4次とかつかうと上がったり下がったりの曲線になる可能性はあります。

(無題) 削除/引用
No.3204-13 - 2014/07/11 (金) 07:53:06 - col

> 死んだマウスはもっと小さくなったマウスとして死んだ後もモデルの中に含まれているのかな、と思うのですが、


死んだマウスはより早く体重が減少していたと思われるのでそこまでの回帰曲線を下振れに引っ張ることが出来れば死んだ後にも影響を残せると思います。3次の非線形回帰曲線だと戻ってしまいますが2次なら大丈夫なはずと思います。

(無題) 削除/引用
No.3204-12 - 2014/07/10 (木) 18:58:51 - ほし
アドバイスをありがとうございました。

視覚的なグラフはシンプルにできるようにアドバイスに従って工夫してみます。

教えていただいた論文は、マウスを一匹ずつ非線形回帰してから実験群とコントロール群をモデル化しているのかと思います。体重を回帰しているので死んだマウスはもっと小さくなったマウスとして死んだ後もモデルの中に含まれているのかな、と思うのですが、合ってますか???モデル化の部分はは理解するのにもう少し時間が必要そうです。。。

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No.3204-11 - 2014/07/10 (木) 08:15:46 - Harmonia
論文等、例があるならそれを踏襲するというのは良いと思います。

視覚的には
・全部の線を重ねる
・個体ごとにスタートとエンドの2点を線でつないで重ねる
 (エンドを「〜日目、死亡の場合はその時点」と定義してやればOK?)
の二つを提案します。

(無題) 削除/引用
No.3204-10 - 2014/07/10 (木) 08:11:40 - col
ttp://www.jimmunol.org/content/182/6/3461.long

ですね。
死んだマウスについての記載は無いですが、非線形モデル化することで解決しているように思います。

(無題) 削除/引用
No.3204-9 - 2014/07/10 (木) 08:02:19 - ほし
その論文を教えていただけないでしょうか。
論文の中でどう扱っているか読めたら助かります。

(無題) 削除/引用
No.3204-8 - 2014/07/10 (木) 07:38:39 - col
炎症性腸炎モデルをやっている人たちの中には体重変化を非線形分析して、回帰曲線が有意に異なるというF検定をすることがあります。

たしかに、途中で死んだマウスについてそれほど気にせずに処理できます。

(無題) 削除/引用
No.3204-7 - 2014/07/10 (木) 03:21:44 - ほし
ありがとうございます。
全プロットとメジアンの両方検討してみます。
全プロットはグラフが点と線が複雑になりすぎて比較の用途にはすこし難しいかもしれません。傾向を視覚的に見せることと、比較することを分けようと思ってます。
割と調べてつもりなのですが、死んでしまったマウスの扱いを書いてあるのが見当たらなかったのですが、基本的なことすぎるのでしょうか。。。。

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No.3204-6 - 2014/07/09 (水) 22:49:03 - おお
あまりにもみにくくなるようであれば、コントロールだけ、Aだけ、Bだけで全く同じフォーマット、スケールでグラフをつくり、縦に並べれば比較ができると思います。

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No.3204-5 - 2014/07/09 (水) 10:50:29 - おお
平均でなくすべての個体のデーターをプロットすればいいのではないでしょうか。
あ、すでにかいとうがあった。。。コントロール、A、B重ねて、線の種類も各群で破線とかかえて、プロットのマークも変えて傾向がわかりそうだったらそれでいいのでは。

(無題) 削除/引用
No.3204-4 - 2014/07/09 (水) 10:02:19 - qw
体重の代表値を平均値ではなく中央値にするべきではないでしょうか。
中央値をグラフにすると、死後の跳ね上がりは無くなるのではないですか?

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No.3204-3 - 2014/07/09 (水) 09:54:00 - ほし
Harmoniaさん、ありがとうございます。もし、実験群vs対照群やA系統vsB系統の比較をするなら、それは別のグラフとして分けて解析すべきでしょうか。できればA系統vsB系統で差があります、と言いたかったのですが。

(無題) 削除/引用
No.3204-2 - 2014/07/09 (水) 08:02:04 - Harmonia
統計的な表現でなく、視覚的にうったえるなら、1匹ずつのマウスの体重の
折れ線グラフを10本重ねて見せればいいと思います。

体重やヒストロジースコアの計時変化と生存率 削除/引用
No.3204-1 - 2014/07/09 (水) 05:22:11 - ほし
基本的なことですみませんが教えてください。

マウス(10匹ほど)に薬剤を投与して体重の変化を毎日測定しています。薬剤の作用で体重が減っていくのですが、体重が減っていきマウスが死ぬとマウスの体重の平均値が上がり、回復していくようなグラフになってしまいます。実際は薬剤の作用で体重が減り続けていくので、それをわかりやすい形で見せたいのですが、どうするのが一般的でしょうか。

例えば、がん細胞を移植したマウスの腫瘍細胞は日に日に大きくなりますが、腫瘍が大きくなるとマウスは死んでサイズの平均は小さくなるかと思うのですが、そういう場合、グラフではどう表示しているか、と思ったのですが。
ご存知でしたら教えてください。

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