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転写因子結合部位について
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No.3147-TOPIC - 2014/06/24 (火) 08:29:01 -
あい
TFBINDを用いてEZH2に結合し得る因子を導き出せてはいるのですが
コンセンサス配列に対して80%近い類似性を持てば因子は結合するのでしょうか?
初めてこの作業をするため困っています。
どなたか教えていただくことは可能でしょうか。
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No.3147-4 - 2014/06/27 (金) 14:24:37 -
あい
回答ありがとうございました。Matchを使い実験を行っていくことになりました。
(無題)
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No.3147-3 - 2014/06/24 (火) 09:15:43 - おお
結合するかもしれません。100%であっても細胞内では結合しないかもしれませんし。
結合に関して実際の実験している論文や、結晶、NMRなど構造解析を示した論文など探してみるといいかもしれません。どこがクリティカルかなどもうすこし細かい情報が手に入るかもしれませんので。
(無題)
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No.3147-2 - 2014/06/24 (火) 09:13:07 - しっし
TFBIND等データベースはあくまで予測に用います。
もちろん誰かが既に報告した結果であればほぼ100%でしょうが。
たまに同条件で実験を行っても再現出来ない場合もあります。
結果的にいくら予測しようがそれはあくまで可能性の予測。
実際の細胞での挙動は細胞で試すしかありません。
転写因子結合部位について
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No.3147-1 - 2014/06/24 (火) 08:29:01 -
あい
TFBINDを用いてEZH2に結合し得る因子を導き出せてはいるのですが
コンセンサス配列に対して80%近い類似性を持てば因子は結合するのでしょうか?
初めてこの作業をするため困っています。
どなたか教えていただくことは可能でしょうか。
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