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蛋白精製 密度勾配遠心とゲルろ過 トピック削除
No.3142-TOPIC - 2014/06/21 (土) 14:15:30 - ken
蛋白精製の方法の1つとして、密度勾配遠心とゲルろ過を組み合わせた方法を見かけます。密度勾配も、結局は分子量に基づいた精製の理解で合っておりますでしょうか?そうであれば、密度勾配とゲルろ過の両方とも分子量による分離であるため、2つを組合せる意味が分かっておりません。密度勾配には出来なくてゲルろ過で出来ること、あるいはその逆があるのかと思うのですが、このあたりご教授お願いいたします。
 
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No.3142-7 - 2014/06/23 (月) 01:06:24 - ken
ありがとうございます。論文ごとに密度勾配はカラムの前、後と両方の場合がありますが、先にやっている場合はcDNAさんが書いてくださった理由なんでしょね。ためになりました。今のところコスト面に加えて、立体的な大きさのみならず、密度即ち分子の重さも考慮して分けたい場合に、密度勾配が使われるのかなと思っています。

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No.3142-6 - 2014/06/22 (日) 18:10:47 - cDNA
一番の違いはコストかと思います。ゲルろ過のカラムは普通は使い捨てにはしませんので、あまり汚いサンプルには使いません。サイトゾル画分をそのままゲルろ過に使うのは他にあまりに手段が無い時のみでしょう。
一般的には精製の後半に、それも最後の手段に近い感じでゲルろ過を行います。キャパが小さいというのも後半に使う理由の一つです。

遠心で分けるのに向いているのは比較的大きいタンパク質複合体ですが、とりあえず、どんなに汚いサンプルでも適用出来ます。キャパは大きいとは言えないけど、カラムを消費するようなコストがかからない点は気楽に行えます。分離能はかなり低いので、遠心してゲルろ過、という順番は意味があると思います。

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No.3142-5 - 2014/06/22 (日) 13:25:56 - おお
結局は密度ですから、大きさに関係あるでしょうけどそれだけではないですよね。

9pageとかいたけど、12pageだったかも。None-Globular proteinsは軽く見積もられる傾向になるのかな、、、そういうちょっとした特性の違いを利用できればゲル濾過とのコンビネーションの利用価値があるということではないかなと。

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No.3142-4 - 2014/06/22 (日) 12:29:23 - ken
ありがとうございます。
密度勾配はオルガネラでなくこちらもたんぱく精製です。密度勾配はisopycnicです。紹介いただいたサイトに回答があるかと思いますので勉強してみます。情報ありがとうございました。

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No.3142-3 - 2014/06/22 (日) 08:14:37 - おお
http://www.chem.iitkgp.ernet.in/faculty/SDG/Protein%20isolation%20sedimentation.pdf

Take a look at page 9 and 10.

Velocity Sedimentation: components sediment at different rates
– Based on size & shape

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No.3142-2 - 2014/06/21 (土) 16:46:41 - papa
タンパク質精製における密度勾配遠心というのは,オルガネラ分画のためのものじゃないのでしょうか。

蛋白精製 密度勾配遠心とゲルろ過 削除/引用
No.3142-1 - 2014/06/21 (土) 14:15:30 - ken
蛋白精製の方法の1つとして、密度勾配遠心とゲルろ過を組み合わせた方法を見かけます。密度勾配も、結局は分子量に基づいた精製の理解で合っておりますでしょうか?そうであれば、密度勾配とゲルろ過の両方とも分子量による分離であるため、2つを組合せる意味が分かっておりません。密度勾配には出来なくてゲルろ過で出来ること、あるいはその逆があるのかと思うのですが、このあたりご教授お願いいたします。

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