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RNA(Ribonucleotide)を1塩基含むOligoでPCRはできるでしょうか? トピック削除
No.3122-TOPIC - 2014/06/10 (火) 14:03:01 - てっさん
RNA(Ribonucleotide)をOligoの真ん中あたりに1塩基だけもつPrimerを用いて、PCRを行いたいと考えています。
この場合、通常のPCR用のDNA polymeraseでDNA断片を増幅することは可能でしょうか?
2回目以降のPCR cycleでは、Oligoの部分が鋳型になってしまうために、末端まで伸長された産物ができるか不明です。

できたPCR産物をRNaseHで処理しニックを入れた後、3'末端が突出した産物をつくりたいと思っています。

ご存知の方がいらっしゃいましたらご教授ください。

よろしくお願いします
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.3122-3 - 2014/06/10 (火) 15:19:17 - てっさん
AP様、
大変参考になりました。ありがとうございます。
TthはRT活性があるので、末端まで埋めることができそうですね。
Chimera oligoの利用は、末端の突出産物の作製では有用なようです。
http://www.nature.com/nbt/journal/v18/n7/pdf/nbt0700_789.pdf

助かりました。

(無題) 削除/引用
No.3122-2 - 2014/06/10 (火) 14:29:27 - AP
こんなようなことかな
http://aem.asm.org/content/75/19/6393.full

RNA(Ribonucleotide)を1塩基含むOligoでPCRはできるでしょうか? 削除/引用
No.3122-1 - 2014/06/10 (火) 14:03:01 - てっさん
RNA(Ribonucleotide)をOligoの真ん中あたりに1塩基だけもつPrimerを用いて、PCRを行いたいと考えています。
この場合、通常のPCR用のDNA polymeraseでDNA断片を増幅することは可能でしょうか?
2回目以降のPCR cycleでは、Oligoの部分が鋳型になってしまうために、末端まで伸長された産物ができるか不明です。

できたPCR産物をRNaseHで処理しニックを入れた後、3'末端が突出した産物をつくりたいと思っています。

ご存知の方がいらっしゃいましたらご教授ください。

よろしくお願いします

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