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CRISPR-gRNAの5'付加配列 トピック削除
No.3101-TOPIC - 2014/06/05 (木) 10:58:26 - CRISPR
CRISPR-Cas9システムのgRNAの設計について以下の質問があります。
T7 promoter部位に組み込むタイプのベクターを利用する予定です。その際制限酵素部位の切断パターン(BsaI)からどうしても転写開始点から"GG"が余分に付加されます。これはCRISPR-Cas9機能に問題無いのでしょうか。
他のgRNA発現ベクターの情報では、一塩基Gの付加すなわち5'-G-X20....は問題無いようです。
GG-X20-NGGとなる標的配列がないため、どうしても余分な5’端にGGが付加されたgRNAになります。
これが機能に問題ありならベクターを改変しますが、教えていただけると幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.3101-3 - 2014/06/09 (月) 11:10:14 - mon
Fさん、レスありがとうございます。
私の書き方が悪かったのですが、標的配列20bpの5'端がGGでない場合、
5'GG-(標的18bp)-PAMで良いのでしょうか。
それとも5'GG-(標的20bp)-PAMで良いのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.3101-2 - 2014/06/09 (月) 08:01:21 - F
経験上、特に問題ないです。
T7とかT3プロモーターは転写開始点がGGであることが転写効率に影響するということで、GGの3'側に標的配列(w/o PAM)を更かしたものを使っていますが、RNA注入によるKOマウス作製で特に問題が起こったことはないです。

CRISPR-gRNAの5'付加配列 削除/引用
No.3101-1 - 2014/06/05 (木) 10:58:26 - CRISPR
CRISPR-Cas9システムのgRNAの設計について以下の質問があります。
T7 promoter部位に組み込むタイプのベクターを利用する予定です。その際制限酵素部位の切断パターン(BsaI)からどうしても転写開始点から"GG"が余分に付加されます。これはCRISPR-Cas9機能に問題無いのでしょうか。
他のgRNA発現ベクターの情報では、一塩基Gの付加すなわち5'-G-X20....は問題無いようです。
GG-X20-NGGとなる標的配列がないため、どうしても余分な5’端にGGが付加されたgRNAになります。
これが機能に問題ありならベクターを改変しますが、教えていただけると幸いです。

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