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ミトコンドリアDNAの抽出法について トピック削除
No.3100-TOPIC - 2014/06/04 (水) 22:03:27 - モリ
現在マイクロサテライト用に組織からのDNA抽出を以下の手順で行っています。

 組織をTUNESおよびProteinaseKで溶解するまで放置。
 5MNaClを加える。
 フェノクロ(TE飽和フェノール:クロロホルム=1:1)を加え、転混。
 遠心
 上清を抜き取り、100%エタを加える。
 析出したモヤ(DNA)を70%エタにて洗浄する。
 70%エタを捨て、RNaseA、5MNaCl、10mMTris-HClの混合液にてモヤを溶解する。
 フェノクロを加え、転混。
 遠心
 上清を抜き取り、100%エタを加える。
 析出したモヤ(DNA)を80%エタにて洗浄する。
 80%エタを捨て、10mMTris-HClで溶解する(抽出完了)。

今回知りたいのは、D-Loop領域の解析のためのミトコンドリアDNAの抽出ができるのかどうかです。何か別のプロトコルがあればご教授ください。不躾な質問で申し訳ありませんが、どうぞ宜しくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.3100-3 - 2014/06/04 (水) 23:14:22 - おお
お示しの方法だと、100%エタノールを加えた後えんしんしているなら、かなりの効率でミトコンドリアDNAが取れると思いますが、ゲノムDNAが大量にある状態です。
ゲノムのDNAがあってもいいかどうかは、その後の実験系しだいなので、ご自身で判断されるといいでしょう。

ミトコンドリアDNAだけということなら確立されたプロとコールはいくらかあると思いますので、お調べになればいいかと思います。即興で思いつくほうほうだと組織や細胞は0.1%ぐらいのNP-40かTX100でけんだくし(えんのうどは高くない方がいい)、1000gぐらいの遠心で核をのぞき、じょうせいを適切なえんのうどでエタチンすればいいかと。

(無題) 削除/引用
No.3100-2 - 2014/06/04 (水) 22:46:52 - mon
常法でもゲノムDNAにミトコンドリアDNAは少量入っていますので、PCRによる解析なら十分可能です。
なお、ミトコンドリアDNAのみの抽出法なら、ググれば直ぐ見つかりましたよ。
http://www.promega.co.jp/jp/jp_tech/wizard_svapp/wiz_jp-svappl06.htm
このページではミトコンドリア画分からカラムでmtDNAを取っていますが、ミトコンドリア画分からゲノムDNAと同様の手法で精製できるでしょう。
但し、EtOH沈殿ではしっかり遠心すること、またDNA濃度が薄いと思われるので共沈剤を添加した方が良いかもしれません。

ミトコンドリアDNAの抽出法について 削除/引用
No.3100-1 - 2014/06/04 (水) 22:03:27 - モリ
現在マイクロサテライト用に組織からのDNA抽出を以下の手順で行っています。

 組織をTUNESおよびProteinaseKで溶解するまで放置。
 5MNaClを加える。
 フェノクロ(TE飽和フェノール:クロロホルム=1:1)を加え、転混。
 遠心
 上清を抜き取り、100%エタを加える。
 析出したモヤ(DNA)を70%エタにて洗浄する。
 70%エタを捨て、RNaseA、5MNaCl、10mMTris-HClの混合液にてモヤを溶解する。
 フェノクロを加え、転混。
 遠心
 上清を抜き取り、100%エタを加える。
 析出したモヤ(DNA)を80%エタにて洗浄する。
 80%エタを捨て、10mMTris-HClで溶解する(抽出完了)。

今回知りたいのは、D-Loop領域の解析のためのミトコンドリアDNAの抽出ができるのかどうかです。何か別のプロトコルがあればご教授ください。不躾な質問で申し訳ありませんが、どうぞ宜しくお願いいたします。

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