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(無題) 削除/引用 No.3066-4 - 2014/05/26 (月) 15:35:53 - トピ主 染色体数は24本としている魚種で、マーカー数は100近くあります。連鎖地図もあり、100個のうち親子判定用には多型性の高い15マーカー（連鎖群の重複なし）を使っています。 ご指摘の通り、600通りというのは片親の分だけでした(+_+)ただ、片親の祖父母データはあるのですが、もう片親はその親のデータも祖父母のデータもありません。 親子判定のように100％近い信頼度は得られないかもしれませんが、多型性の高いマーカーにおいて特定のアリルが受け継がれているか否か…という観点から調べてみようと思います。

(無題) 削除/引用 No.3066-3 - 2014/05/25 (日) 23:52:17 - ~ 調べているマーカーの数とバリエーションは十分あるのでしょうか。 600通りと書かれていますが、それは片親側の祖父母の組み合わせだけで、 両親の分を計算すると、600×600=36,000通りになりますよね。 また、親の染色体の組み合わせとしては、同じ祖父母から生まれても、組換えを無視しても2^n種類になりますよね。 例えばゼブラフィッシュだと2n=50なので、片親の染色体のパターンは600×2^25になります。 その両親から生まれた孫の中には、マーカーの乗っている染色体について、特定の祖父母のものを受け継いでいない可能性があります。 そのため、孫が特定の祖父母候補のマーカーを1つも受け継いでいなくても、その個体が祖父母である可能性は0にはなりません。 そこで、消去法ではなく、特定のマーカーを受け継いだものをピックアップしていってはいかがでしょうか。 マーカーが個体を識別するのに十分な数とバリエーションを持っていれば、特定の4匹の祖父母がピックアップされるでしょうし、 不十分な場合は一部の個体群が祖父母候補としてピックアップされたり、全てが祖父母の可能性を残すこともあるでしょう。。

(無題) 削除/引用 No.3066-2 - 2014/05/24 (土) 23:59:51 - マイクロ 試薬や機器の情報交換の場ですのに全く関係ないトピを立ててしまいました(後で気付きました)。申し訳ないですm(_ _)m ですが、もし情報をお持ちの方がいらっしゃったら是非書き込みお願いします。

祖父母、孫の鑑定について 削除/引用 No.3066-1 - 2014/05/24 (土) 23:49:01 - マイクロ 現在ある魚類のDNA解析をしています。 基本的に親子判定を行っていますが、消去法を基本にした判定方法です。複数のマイクロサテライトマーカーで親、子のデータを取り、子のアリルを持っている親を残していくというのをVBAでマクロを組み実行させています。 この度トピを立てたのは、祖父母世代と子世代のデータしかない場合に、孫・祖父母鑑定を行うにはどんな手順で解析を行えばいいかご教授戴きたいのです。祖父母は♂20尾♀30尾で組み合わせ通り数は600です。今回得た子がどの祖父母に由来しているか調べたいのです。親のデータは一切ありません。 また、人間の場合の孫・祖父母鑑定もマイクロサテライトを使用しているようですが、あれはどんな鑑定方法なのでしょう。 何かヒントになるようなことがあれば何でも構いませんので書き込んで頂けたら幸いです。どうぞ宜しくお願い致します。

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