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(無題) 削除/引用 No.3024-2 - 2014/05/11 (日) 01:37:11 - おお 目的によってはそのまま絞り込まなくてもいいのではないかと思いますが。。。まあ単純にできることは2倍でなくって2.5倍、3倍とか4倍とハードルを高くしてみるとか、少なくとも4倍以上、３倍から4倍の間とランクをつけると見やすくなってきます。 こなせる数としてだいたい20個だろうと思うなら、TOP 20をピックアップするとか。 またbioinformatics的にはエンリッチメントアナリシスをしてあるカテゴリーのものを絞り出すとか、のぞくとか。 一次的な反応か二次的な反応かであれば短時間で立ち上がるかlate phaseで立ち上がるかなどtime course をおったRNA-seqで解析してみるとか、、、 目的によると思いますので当てにならないかもしれませんが。

RNA-seqの解釈について 削除/引用 No.3024-1 - 2014/05/11 (日) 01:17:50 - ねこた 次世代シークエンサーを使ってRNA-seq解析をしていますが、得られた結果の解釈についてのご質問です。 サンプルを数種類用意し、それぞれのサンプルについて、遺伝子発現量を定量化し比較する段階までは進みました。 ここから、ある成分の量に関連する遺伝子の絞り込み作業に入るのですが、絞り込みの方法に悩んでいます。 発現量が大きく異なる(２倍以上とか？)遺伝子や目的とする成分量と相関の高い遺伝子を候補遺伝子と使用としているのですが、抽出される遺伝子数が多くもう少し絞り込みたいと考えています。 一般的な、候補遺伝子の絞り込み基準や絞込みのコツがございましたらご教示ください。

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