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(無題) 削除/引用 No.2999-8 - 2014/04/26 (土) 21:00:43 - oks AP様 返信が遅くなり申し訳ありません。 よくわかりました。誠にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2999-7 - 2014/04/25 (金) 16:38:57 - AP 水に溶けたフェノールはエタノール沈殿で除けます。 それを言ったらPCI抽出だって、水層にフェノールは分配されます。慎重を期すなら CIAA抽出のステップを入れたらいいでしょう。フェノール抽出が発明される前は除タンパク質はクロロフォルム抽出でやっていたらしいですが、今ではCIAA抽出は水層に溶けたフェノールを除くのが主目的です 。

(無題) 削除/引用 No.2999-6 - 2014/04/25 (金) 16:07:38 - oks AP様 ご回答、誠にありがとうございます。 一点、質問があります。 クロロホルムを入れる理由は、フェノールが水層に解けないようにするためと解釈しています。 ゲルを切り出し、ライゲーションに使用する際、 このフェノールがライゲースを阻害することはないのでしょうか？ お手すきの際にご回答頂けますと幸いです。 よろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.2999-4 - 2014/04/25 (金) 11:37:19 - AP さらにちなみに、 共沈剤用のグリコゲンを、安い粗生成物を買って自作する場合、 フェノール抽出はダメで、PCIとCIAAの抽出を繰り返して精製します。 フェノール抽出するとフェノール層にグリコゲンを持ってかれるからでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.2999-3 - 2014/04/25 (金) 10:51:28 - mokmok 何に使用するかにもよりますが、禁忌ってほどのことはないと思います。 クロロホルムを含んでいるとアガロースのような多糖が核酸といっしょに 抽出されてしまう傾向にあるので、後々のアプリケーションに邪魔になるかも、 ってぐらいです。 使い分けるのも面倒なので、アガロースゲルからの抽出にPCIを使ってる ラボもプロトコルも普通にあります。

(無題) 削除/引用 No.2999-2 - 2014/04/25 (金) 10:51:27 - AP アガロースのような多糖類は、極性のより低いクロロフォルムを含んだフェノールでは抽出効果が低く水層により多く分配されてしまいます。 なお、古くはフェノール抽出は主に除タンパク質を目的としても、 フェノール→フェノール/クロロフォルム（PCI)→クロロフォルム/イソアミルアルコールと三段階でやるとされていました。 今は、除タンパク質ならフェノール/クロロフォルム（PCI)抽出だけで十分で、EtOH沈殿するならクロロフォルム/イソアミルアルコール抽出も省くというのがトレンドじゃないでしょうか。

アガロースゲルにクロロホルムが禁忌な理由 削除/引用 No.2999-1 - 2014/04/25 (金) 10:19:32 - oks アガロースゲルからDNAを抽出する際、PCIは絶対にダメで、フェノール処理するように言われましたが、理由がわかりませんでした。 なぜクロロホルムが入っているとまずいのか、お教え願えませんでしょうか。

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