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プライマーダイマーを利用して二本鎖オリゴを作れますか？ トピック削除
No.2972-TOPIC - 2014/04/15 (火) 18:43:38 - 休むに似たり
素人の考えですが、聞いてください。

60塩基程度の人工遺伝子を10種類合成することを検討しています。
この程度の大きさですと各社22000円/本ほどの値付けになっており、10種類となると金額的にとても負担です。

そこで目的の配列および相補的な配列の一本鎖オリゴを合成し、混合することで二本鎖オリゴを作れないかと考えています。
これなら1種類あたり6-7000円で作ることが出来ます。

どなたかこのような方法で人工遺伝子を作られた方はいらっしゃらないでしょうか？
または、無理・無茶・不可能などのご意見をいただけないでしょうか？
　
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ありがとうございます 解決済み 削除/引用
No.2972-9 - 2014/04/16 (水) 08:44:03 - 休むに似たり
皆様、有益な情報ありがとうございます。
一般的な方法なのですね。無知が恥ずかしいです。
特に中年さま、APさまの方法はかなり有効に使えそうです。
早速設計にとりかかります。
ありがとうございました！

(無題) 削除/引用
No.2972-8 - 2014/04/16 (水) 08:06:57 - Harmonia
アニーリングは 10 mM NaCl, 10 mM tris, 1 mM EDTA （ラボ内通称ten-ten-
one）でやるんだよと教わりました。２０年ほど前の話です。

(無題) 削除/引用
No.2972-7 - 2014/04/15 (火) 23:49:31 - ぺーぺー
皆様書かれていますが「よゆー」です。因みに、4本のオリゴを同時にannealしたこともあります。とちったことは無いですが、設計ミスが怖くはあります

(無題) 削除/引用
No.2972-6 - 2014/04/15 (火) 20:20:02 - ho
APさんがいうように、末端に相補配列を持たせるやり方では
長さによりますがかなり節約が可能です。
例えばOperon社では35merまでの合成が一律980円です。

(無題) 削除/引用
No.2972-5 - 2014/04/15 (火) 19:02:14 - TS
できますね。
わたしは、shRNAプラスミドを作る時によくやります。

いろいろなやり方があると思いますが、
基本的には95度に加熱して、ゆっくりと室温まで冷やしていく、というようなプロトコールだと思います。
できたかどうかもAgarose gel電気泳動で確認できますよ。

annealing dsoligo でググれば、プロトコールがたくさん見つかると思います。

(無題) 削除/引用
No.2972-4 - 2014/04/15 (火) 18:58:49 - AP
とっぴな方法ではなく、よくやる手ではないでしょうか。

>そこで目的の配列および相補的な配列の一本鎖オリゴを合成し、混合することで二本鎖オリゴを作れないかと考えています。

これはプライマーダイマー形成とは言いません。アニール　annealingでしょうな。

なんなら、プライマーダイマー的な作成方法もあります。
60 bpを3' 末端が数塩基相補になる30 nt + alphaの二本の一本鎖に
分けて合成し、混ぜて適当なDNAポリメラーゼを効かせれば相補鎖が合成されて、出来上がりです。

(無題) 削除/引用
No.2972-3 - 2014/04/15 (火) 18:53:58 - 中年
人工遺伝子を作ったわけではないのですが、100bpの二本鎖DNAが欲しかったときに60ntのプライマー２本で鋳型無しでPCR反応をしたことがあります。問題なく沢山取れましたよ。

(無題) 削除/引用
No.2972-2 - 2014/04/15 (火) 18:53:11 - ぎ
余裕でしょ。

プライマーダイマーを利用して二本鎖オリゴを作れますか？ 削除/引用
No.2972-1 - 2014/04/15 (火) 18:43:38 - 休むに似たり
素人の考えですが、聞いてください。

60塩基程度の人工遺伝子を10種類合成することを検討しています。
この程度の大きさですと各社22000円/本ほどの値付けになっており、10種類となると金額的にとても負担です。

そこで目的の配列および相補的な配列の一本鎖オリゴを合成し、混合することで二本鎖オリゴを作れないかと考えています。
これなら1種類あたり6-7000円で作ることが出来ます。

どなたかこのような方法で人工遺伝子を作られた方はいらっしゃらないでしょうか？
または、無理・無茶・不可能などのご意見をいただけないでしょうか？
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