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(無題) 削除/引用 No.2949-5 - 2014/04/10 (木) 12:08:01 - おお >[Re:4] まいやんさんは書きました : > おおさま、うえ様、ご回答誠にありがとうございます。 > > まず、遺伝子Aについて、2^(ノックダウン細胞のCt値−スクランブル細胞のCt値）という値を求め、同様にインターナルコントロールについても2^(ノックダウン細胞のCt値−スクランブル細胞のCt値）という値を求め、前者を後者で割れば、スクランブル細胞における遺伝子Aの発現量に対するノックダウン細胞における遺伝子Aの相対的発現量が求められる、という理解で大丈夫でしょうか？ > あと、理想的には1サイクルで2倍に増えるという計算であれば、増幅効率が80％とすると1サイクルで1.6倍に増えるということになるのでしょうか。 > > よろしくお願い致します。 前半についてはそう言う風に計算できますが、ddCtを求めるという定石になっている計算方法があります。qPCR用マシンをうっている会社などわかりやすい資料を出しているかもしれませんし、qPCRの解説をしている本などをよむと書いていると思いますので調べてみてはどうでしょうか。 後半は高校の数学の範囲ですので、落ち着いてかんがえればわかるとおもいます。説明して恥ずかしいおもいさせるのもとおもいますので

(無題) 削除/引用 No.2949-4 - 2014/04/10 (木) 11:35:16 - まいやん おおさま、うえ様、ご回答誠にありがとうございます。 まず、遺伝子Aについて、2^(ノックダウン細胞のCt値−スクランブル細胞のCt値）という値を求め、同様にインターナルコントロールについても2^(ノックダウン細胞のCt値−スクランブル細胞のCt値）という値を求め、前者を後者で割れば、スクランブル細胞における遺伝子Aの発現量に対するノックダウン細胞における遺伝子Aの相対的発現量が求められる、という理解で大丈夫でしょうか？ あと、理想的には1サイクルで2倍に増えるという計算であれば、増幅効率が80％とすると1サイクルで1.6倍に増えるということになるのでしょうか。 よろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用 No.2949-3 - 2014/04/09 (水) 01:34:02 - おお 理想状態でCtが1変われば二倍になるの。最近はその理想状態といっていいと思われるプライまーが設計されていてそういうのがqPCRにつかわれています。どんなプライまーを使っているかは自信で確認ください。 もう少し詳しくいうとインターナルコントーロールと比べて何倍になるかで比較するといい。

(無題) 削除/引用 No.2949-2 - 2014/04/08 (火) 16:19:57 - うえ 私は単純にddCT法を使ってます。 計算方法はネットにいくらでも転がってるので、ご自分でお調べになるのがよろしいかと思います。

Ct値からの相対発現量の求め方 削除/引用 No.2949-1 - 2014/04/08 (火) 15:37:46 - まいやん いつも勉強させて頂いています。 ある遺伝子Aの発現量がどれくらいノックダウンされたかを定量的PCRで調べたいと思っています。定量的PCRの結果、ノックダウン細胞における遺伝子AのCt値とGAPDH（またはβactin)のCt値、そしてスクランブル細胞（何もノックダウンしていない細胞）における遺伝子AのCt値とGAPDH（またはβactin)のCt値は得られたのですが、ここからスクランブル細胞における遺伝子Aの発現量に対するノックダウン細胞における遺伝子Aの相対的発現量の求め方が分かりません。 みなさんは定量的PCRのCt値から遺伝子の相対発現量を求めるときはいつもどのようにしていますか？ みなさんのご意見を聞かせて下さい。 よろしくお願い致します。

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