ある生物のマイクロサテライト解析をしています。
2塩基反復配列の反復回数が多い時(10反復以上)、GeneMappingの
ピークが乱立してしまい、正確な反復数(フラグメントサイズ)が
推定できなくなります。
また、クローニングしてシーケンスを調べようとしても、やはり
PCRエラーが生じているためだと思いますが、反復数が一定せず、
反復数を特定することができません。
ちなみに、AmpliTaq Goldの他、PCRでは正確性の高いとされるPfu
プライマーなどを試していますが、改善されません。
シーケンシング反応にはBigDye(Ver3.1)を使用しています。
そもそも反復数の多い2塩基反復配列はマイクロサテライト解析に
不向きなのでしょうか。
もし何か改善策がありましたらご教示ください。 |
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