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マイクロサテライト(SSR)配列の正確なシーケンス法について トピック削除
No.2945-TOPIC - 2014/04/07 (月) 07:33:01 - っsr
ある生物のマイクロサテライト解析をしています。

2塩基反復配列の反復回数が多い時(10反復以上)、GeneMappingの
ピークが乱立してしまい、正確な反復数(フラグメントサイズ)が
推定できなくなります。

また、クローニングしてシーケンスを調べようとしても、やはり
PCRエラーが生じているためだと思いますが、反復数が一定せず、
反復数を特定することができません。

ちなみに、AmpliTaq Goldの他、PCRでは正確性の高いとされるPfu
プライマーなどを試していますが、改善されません。

シーケンシング反応にはBigDye(Ver3.1)を使用しています。

そもそも反復数の多い2塩基反復配列はマイクロサテライト解析に
不向きなのでしょうか。

もし何か改善策がありましたらご教示ください。
 
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ありがとうございます 削除/引用
No.2945-3 - 2014/04/11 (金) 00:13:18 - っsr
PIG Tail、試してみます。
ありがとうございました。

シークエンス法ではありませんが、 削除/引用
No.2945-2 - 2014/04/10 (木) 13:35:33 - pig
マイクロサテライト分析時のピークの乱立を抑制する方法。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8780871

マイクロサテライト(SSR)配列の正確なシーケンス法について 削除/引用
No.2945-1 - 2014/04/07 (月) 07:33:01 - っsr
ある生物のマイクロサテライト解析をしています。

2塩基反復配列の反復回数が多い時(10反復以上)、GeneMappingの
ピークが乱立してしまい、正確な反復数(フラグメントサイズ)が
推定できなくなります。

また、クローニングしてシーケンスを調べようとしても、やはり
PCRエラーが生じているためだと思いますが、反復数が一定せず、
反復数を特定することができません。

ちなみに、AmpliTaq Goldの他、PCRでは正確性の高いとされるPfu
プライマーなどを試していますが、改善されません。

シーケンシング反応にはBigDye(Ver3.1)を使用しています。

そもそも反復数の多い2塩基反復配列はマイクロサテライト解析に
不向きなのでしょうか。

もし何か改善策がありましたらご教示ください。

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