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UCSC genome browserで各臓器の遺伝子発現表示方法について トピック削除
No.2924-TOPIC - 2014/03/28 (金) 09:00:12 - min
マウスもしくはヒトの各臓器での遺伝子発現(Coding gene, non-coding gene)を調べるデータベースの検索方法を教えていただけませんでしょうか?

UCSCのGenomebrowserでは下のexpressionのタブをひとつひとつ表示させる事でencodeなどに掲載されている培養細胞間での遺伝子発現を見る事は出来るのですが、臓器間(脳、心臓、肝臓、腸、生殖器、など)での遺伝子発現の表示方法が分かりません。
Biogps, GEO databeseでは臓器横断的に見られるデータベースが目的遺伝子では見つかりませんでした。

UCSC以外にも遺伝子が臓器横断的に見られるデータベースをご存知でしたらご教授ください。
 
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(無題) 削除/引用
No.2924-3 - 2014/03/29 (土) 04:32:25 - min
たま様,

有り難うございます。
御陰さまで、coding geneについては、microarrayのパネルで発現量を見る事が出来るようになりました。大変助かりました。



もしどなたか、micro RNAやnon-coding RNAの発現量を各臓器で比較してみられる様な方法をご存知の方がいらっしゃいましたら、教えていただけませんでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.2924-2 - 2014/03/28 (金) 12:02:14 - たま
今たまたま目に入ったものを一応紹介しますが、
UCSCのgeneのリンクをぽちっとして Description and Page Index という項?のページにいくと、臓器ごとのマイクロアレイのパネルがでてきます。

UCSC genome browserで各臓器の遺伝子発現表示方法について 削除/引用
No.2924-1 - 2014/03/28 (金) 09:00:12 - min
マウスもしくはヒトの各臓器での遺伝子発現(Coding gene, non-coding gene)を調べるデータベースの検索方法を教えていただけませんでしょうか?

UCSCのGenomebrowserでは下のexpressionのタブをひとつひとつ表示させる事でencodeなどに掲載されている培養細胞間での遺伝子発現を見る事は出来るのですが、臓器間(脳、心臓、肝臓、腸、生殖器、など)での遺伝子発現の表示方法が分かりません。
Biogps, GEO databeseでは臓器横断的に見られるデータベースが目的遺伝子では見つかりませんでした。

UCSC以外にも遺伝子が臓器横断的に見られるデータベースをご存知でしたらご教授ください。

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