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(無題) 削除/引用 No.2869-10 - 2014/03/19 (水) 21:29:22 - WInter8 >[Re:9] サンショウウオさんは書きました : > 詳細に関しては公開出来ませんが、座標はExcelで大まかに末端同士を近接させ、その後サーバーにジョブを投げ、モンテカルロ法ベースで結合長と各ドメインの配向をエネルギー的に最小化しています。 > 私はwetな構造屋なので、in silicoの専門家がどこまで評価されるかはわかりませんが、 一定の需要はあると思います。 生理的に相互作用する２つのタンパク質をつないで、より効率的なシグナル伝達を試みたり、 複合体の結晶構造解析を目指すという例は多いかと思います。 これを応用して、タンパク質間のリンカーの長さや配列を最適化するようなプログラムがあれば、 wetな実験にフィードバックできるかもしれません。 ここの掲示板は構造屋さんが少ないですし、よりバイオインフォマティックス寄りのコミュニティに行けば、より有益な情報が得られるかもしれません。

相対位置について 削除/引用 No.2869-9 - 2014/03/15 (土) 17:01:14 - サンショウウオ 詳細に関しては公開出来ませんが、座標はExcelで大まかに末端同士を近接させ、その後サーバーにジョブを投げ、モンテカルロ法ベースで結合長と各ドメインの配向をエネルギー的に最小化しています。 GFP-GGGGSGGGGS-GFPとかだと低精度にやっても下記のモデルのようにエネルギー最小化されますが、今のところ構造上の欠陥等も見当たらず、問題無さそうです。。GFPのPDBID：1GFL GFP-GGGGSGGGGS-GFP.pdbダウンロード先 http://www1.axfc.net/u/3194763

(無題) 削除/引用 No.2869-8 - 2014/03/14 (金) 16:34:18 - WInter8 その融合タンパク質の構造は妥当でしょうか？ タンパク質間（ドメイン間）の相対配置は どうやって計算されていますか？

できた 削除/引用 No.2869-7 - 2014/03/12 (水) 22:20:25 - サンショウウオ 融合タンパクのpdbモデルを作れるようになったんですけど。。。。。。。。。需要はありますでしょうか。 メモ帳でつなげてできた。

(無題) 削除/引用 No.2869-6 - 2014/03/06 (木) 12:07:54 - サンショウウオ N原子とC原子入れ替えた後にX座標すべて反転させたら出来ました。D体L体の反転が起きてたようです。 一応、モデル上では安定な三次構造が形成できたのですが、実際に発現させるのは難しいのでしょうか？ 　 もとのPDBID：3MGF 3MGFinvertedダウンロード先 http://www1.axfc.net/u/3187705

(無題) 削除/引用 No.2869-5 - 2014/03/05 (水) 23:17:07 - サンショウウオ WInter8さんありがとうございます。 指摘いただいた点を考慮してモデルを見直し見たところ、側鎖が反転（タンパク表面にあるβシート上の疎水性アミノ酸と極性アミノ酸の裏表）していました。そのためモデル上では、非常に不安定な構造になっていました。 　。。。。。。側鎖が邪魔そうなので一旦全部グリシンにしてみます。

(無題) 削除/引用 No.2869-4 - 2014/03/05 (水) 22:25:16 - WInter8 >N末端とC末端を反転させたPDBファイル 立体構造が大きく変わるので、ただ座標をいじっただけでは意味の無い構造になると思います。 二次構造だけを見れば、反転しても同じのように見えますが、 側鎖が逆向きになると三次構造を形成できない部分が多々出てくるはずです。

(無題) 削除/引用 No.2869-3 - 2014/03/05 (水) 22:09:29 - サンショウウオ qqさん　丁寧な回答有り難うございます。 　DeepViewで結合させたタンパクモデルを作れるとのことですが、確かに結合を形成するモデルを作れるソフトがあることをしれて収穫ではあるのですが。。。。プレゼンで図に使うことはできそうなのでその場合はDeepViewを使ってファイルを作成しようと思います。 　 　PDB座標ファイルをいじるのは、、、、Excelに頼って何とかしようと試みた事があるのですが、やはり難しそうですね。 　SWISSModelに、PDBファイルのN原子とCO原子の座標を入れ替えたPDBをテンプレート、アミノ酸配列をN→C末端　を　C→N末端と入れ替えたものを入力したことがあるのですが、側鎖がうまく構成されなくて。。。 かくなる上は、Excelを使って座標計算するかなと。。。

(無題) 削除/引用 No.2869-2 - 2014/03/05 (水) 19:56:29 - qq ＞PDBファイル内のタンパクの融合をして融合タンパクのPDBファイルを作る方法は 見た目だけで良ければ、DeepViewを使えば、二つのタンパクのうち一つだけを移動させて、ファイルをマージさせ、結合を新たに生成する。ことはできます。二つの３Dを無理やり一つに繋いだだけの事なので、あまり意味はありません。 ＞PDBファイル内のタンパク情報の、N末端とC末端を反転させたPDBファイル PDBファイルは、アミノ酸残基のそれぞれの３D座標を示したファイルですから、N末とC末を反転させた新規タンパク（？）の立体構造が推定できない限りは、無理だと思います。任意のアミノ酸配列から、ホモロジーに頼らないで分子の立体構造を推定する良い方法は、基本的には存在しません。

PDBファイル内のタンパク情報の融合 削除/引用 No.2869-1 - 2014/03/05 (水) 14:35:45 - サンショウウオ ちょっとやりたいことが2点あるので。。。。 もしできる方法を御存知の方がいらっしゃればご教授願いたいと思い投稿しました。 具体的には 複数のPDBファイルを用意して、 PDBファイル内のタンパクの融合をして融合タンパクのPDBファイルを作る方法はありますか？ （GFPのPDBファイル）＋（酵素のPDBファイル）→（GFP融合酵素のPDBファイル）　 といったことをPDBファイルでやりたいのです。 あと、PDBファイル内のタンパク情報の、N末端とC末端を反転させたPDBファイルを作る方法はありますか？

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