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(無題) 削除/引用 No.2843-7 - 2014/02/23 (日) 06:54:33 - おお >[Re:6] sさんは書きました : > ご質問の件ですが、 > 260nm辺りに来るべきピークが267nm辺りになっています。 > 特にフェノール等の臭いはしません。いくつかやってみているのですが、いつも267nm辺りにピークが来て、差がないので、フェノクロ抽出時の差とも思えないのです。 ならその他の夾雑物でしょう。エタチンで沈殿するのはDNAだけじゃありません。よく問題になるのは糖質ですが、そのほかにも落ちてくるものはあるとおもいます。微量であっても濃縮されるなら、問題になる可能性はじゅうぶんあります。 巻きとってDNAをえると、長いDNAだけが絡まるので小さな分子の沈殿を除くことができます。RNAものぞけますね。 えんしんして回収したDNAはようとによってはもう1ステップ精製が必要かもしれません。

(無題) 削除/引用 No.2843-6 - 2014/02/23 (日) 00:18:12 - s 皆様ありがとうございます。 ご質問の件ですが、 260nm辺りに来るべきピークが267nm辺りになっています。 特にフェノール等の臭いはしません。いくつかやってみているのですが、いつも267nm辺りにピークが来て、差がないので、フェノクロ抽出時の差とも思えないのです。

(無題) 削除/引用 No.2843-5 - 2014/02/22 (土) 17:15:07 - Harmonia きれいにとりたいなら、理研のJCMやNITEの微生物部門に相談しては？ 微生物ゲノムDNAを売っているので。

(無題) 削除/引用 No.2843-4 - 2014/02/22 (土) 12:05:02 - おお 7nmのずれはおおきいとおもいます。。。

(無題) 削除/引用 No.2843-3 - 2014/02/22 (土) 12:03:48 - おお 遠心で回収した方が夾雑物が多いと思います。一度DNAを巻き取ったあとの残りをえんしんしてみればもしかしたら、夾雑物の吸収がみれるかもしれません。 たぶんクロロフォルムをしているので問題ないと思いますが、フェノールが入っているとpHや濃度によってはその辺りにピークがくるかもしれません。だいたい260あたりだといわれますが。匂いはしませんよね。。。

(無題) 削除/引用 No.2843-2 - 2014/02/22 (土) 09:30:48 - qq ＞ピークが7nmほど高くなってしまいました。 例えば、吸収極大の波長が260nmのところが、267nmになったということか？？

DNA抽出時の吸収度ピークのずれ 削除/引用 No.2843-1 - 2014/02/22 (土) 02:54:02 - s 乳酸菌のDNA抽出を実施しています。 リゾチーム溶菌後、SDS処理、フェノクロ抽出、2-プロパノールで析出させ、DNA巻き取り、TEに再溶解後に精製のために再度フェノクロ抽出、2-プロパノールで析出させ、DNA回収、エタノールリンス後にTEに溶解させています。 その後に濃度、純度確認のためにナノドロップで測定をしています。 そのときに、最後DNAを巻き取れたサンプルでは、吸光度の波形は問題ないのですが、量が少ないためか巻き取れず、遠心で沈殿させたものでは、ピークが7nmほど高くなってしまいました。 同時に処理をしているので、両者の差は沈殿させたか否かで、エタノール沈殿させたもののエタノールの残留がピークのずれを起こさせているのではないかと思うのですが、他に考えられる原因はありますでしょうか？

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