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点変異 変異体のジェノタイピング
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No.2838-TOPIC - 2014/02/20 (木) 12:26:33 -
koko
point mutation の個体のジェノタイピングに苦戦しています。
制限酵素サイトがないため、いろいろ試しましたが結局シーケンスを読んでジェノタイピングを行っています。
扱っている実験動物はメダカです。
アドバイスお願いします。
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No.2838-9 - 2014/02/23 (日) 09:53:37 - はまおう
http://helix.wustl.edu/dcaps/dcaps.html
(無題)
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No.2838-8 - 2014/02/23 (日) 06:57:59 - おお
えっとほかのコメントのメソッド詳細をみてないのですが、変異がわかっているなら、その近傍の配列がかわって制限酵素認識配列におき変わるようなプライまーをつくってもいいかもしれませんよ。
(無題)
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No.2838-7 - 2014/02/21 (金) 22:26:16 - ねずみ
>[Re:6] kokoさんは書きました :
> Surveyor assayを行う際は、野生型ホモと変異体ホモの区別はどのようにするのでしょうか?
野生型ホモDNAとサンプルDNAを混ぜたテンプレート、変異体ホモDNAとサンプルDNAを混ぜたテンプレート、をPCRにかけることで判別できます。
(無題)
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No.2838-6 - 2014/02/21 (金) 21:30:28 -
koko
Surveyor assayを行う際は、野生型ホモと変異体ホモの区別はどのようにするのでしょうか?
(無題)
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No.2838-5 - 2014/02/20 (木) 14:39:58 - 独り言
ジェノタイピングにシークエンスとはお金持ちラボですね。
Surveyor assayがいいでないかしら。
http://www.sowa-trading.co.jp/docs/SURVEYOR_flyer.pdf
PCR産物のミスマッチ塩基を特殊なエンドヌクレアーゼで切断する方法です。
(無題)
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No.2838-4 - 2014/02/20 (木) 12:50:31 - Pumpkin
菌類ですが、SNP部分をAS-PCRで判定しています。
大抵のケースでうまくworkしています。ご参考まで。
(無題)
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No.2838-3 - 2014/02/20 (木) 12:37:25 - おお
http://en.wikipedia.org/wiki/Single-strand_conformation_polymorphism
変異があるかないかなら。こういう方法も、、、
(無題)
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No.2838-2 - 2014/02/20 (木) 12:31:01 - AA
点変異の部分をプライマーの3'末端に持ってきてPCRをするとできることがあります。
点変異 変異体のジェノタイピング
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No.2838-1 - 2014/02/20 (木) 12:26:33 -
koko
point mutation の個体のジェノタイピングに苦戦しています。
制限酵素サイトがないため、いろいろ試しましたが結局シーケンスを読んでジェノタイピングを行っています。
扱っている実験動物はメダカです。
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