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(無題) 削除/引用 No.2812-16 - 2014/02/12 (水) 21:30:01 - Harmonia 配列から予想される断片の長さはベース単位、ゲルで見える断片の長さは キロベース単位。1000倍違う物差しで物事を見ている認識が必要です。 で、ゲルで見えたバンドの長さを足すとどうなりました？ 未切断の長さにならないとおかしいですよね？ （想定していることがありますが、あえて伏せた書き方をしています）

(無題) 削除/引用 No.2812-15 - 2014/02/11 (火) 18:43:52 - 遺伝子実習が嫌いな大学生 APさん、回答ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2812-14 - 2014/02/11 (火) 16:58:09 - AP >enterobacteria phage lambda って、lambda phage の別名じゃん。 常識的に言って、由来生物は大腸菌であり、CpGメチル化は起こらないし、それらの酵素は、大腸菌で起こるメチル化には非感受性。 バンドの数が少なく見えた原因として考えられることをいくつかあげると、 ・染色ムラで低分子量側の強度が低かった。ゲルにEtBrを入れて泳動すると(いわゆる先染め)、EtBrはDNAと逆向きに移動するため、低分子量側からEtBr濃度が低下していく。 ・lambda phage DNAの両端にあるcos配列が対合し二つの断片が重合してく分子量の大きな一本のバンドをなすので、それらの断片がみえていない。cosを解離させるためには、泳動前に60℃ほどに加温する必要がある。

(無題) 削除/引用 No.2812-13 - 2014/02/11 (火) 16:31:54 - 遺伝子実習が嫌いな大学生 追記 No.2812-11に記載したフラグメントの長さはunmethylatedのものです。

(無題) 削除/引用 No.2812-12 - 2014/02/11 (火) 16:27:39 - 遺伝子実習が嫌いな大学生 おおさん、ぺーぺーさん回答していただきありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.2812-11 - 2014/02/11 (火) 16:26:22 - 遺伝子実習が嫌いな大学生 駄文を読んでいただきありがとうございます。 今実習の材料はenterobacteria phage lambda、制限酵素、10×制限酵素用バッファー、超純水、6×ローディングバッファー、1%アガロースゲル、1×TAEバッファー、EtBrです。 > きったDNAの配列をお持ちですか?その配列からun-methylatedの時得られるフラグメントの長さをすべて書き出してみてください。メチレーションされたばあいも同様に書いてみてください。 EcoR1の時 21226bp,7421bp,5804bp,5643bp,4878bp,3530bp Hind3 23130bp,9416bp,6682bp,4361bp,2322bp,2027bp,564bp BamH1 16841bp,7233bp,6770bp,6527bp,5626bp,5505bp Pst1 11497bp,5077bp,4749,4507,2838,2560,2459,2443,2140,1986,1700,1159,1093,805,514,468,448,339,264,247,216,211,200,164,150,94,87,72,15 > > 実際それぞれそバンドの強さで何か特徴的なことがなかったですか? EcoR1処理DNAは1,2,3,4本目のバンドは強く発色しました。 Hind3処理DNAは1,2,3本目のバンドが強く発色しました。 BamH1処理DNAは1,2,3本目のバンドが強く発色しました。 Pst1処理DNAは1,2,3,4,6,7本目のバンドが強く発色しました。 強く発色した理由はEtBrが多くインターカレーションしたことによるものであると考えました。 > > きったDNAは何由来ですか?大腸菌からせいせいしたプラスみどですか?なら由来の株の名前はなんですか? エンテロバクター属由来であり菌株まではわかりません。

(無題) 削除/引用 No.2812-10 - 2014/02/11 (火) 14:56:58 - ぺーぺー 訂正 CpGは単に配列の事です。 生物種によってはこのシトシンをメチル化する酵素を持っています。 ここらへんで私はフェードアウトします

(無題) 削除/引用 No.2812-9 - 2014/02/11 (火) 14:43:58 - ぺーぺー １核酸試料の由来は何なのか？ ２極めて近接した制限酵素サイトの片方しか切断されなかった場合にバンドパターンはどのように変化するか？ などを考えてみたらいかがでしょうか？ CpGはメチル化を受けているパターンなので、その場合切断されずにバンド数が減少するのは妥当です。

(無題) 削除/引用 No.2812-8 - 2014/02/11 (火) 14:43:04 - おお あ、それと、No.2812-6はあなたの実験に携わってない人が読むと支離滅裂です。もしかしたら携わっている人にも理解してもらえないかもしれません。 メチレーションが原因ではないという結論にたっしたのですか?

(無題) 削除/引用 No.2812-7 - 2014/02/11 (火) 14:38:11 - おお きったDNAの配列をお持ちですか?その配列からun-methylatedの時得られるフラグメントの長さをすべて書き出してみてください。メチレーションされたばあいも同様に書いてみてください。 実際それぞれそバンドの強さで何か特徴的なことがなかったですか? きったDNAは何由来ですか?大腸菌からせいせいしたプラスみどですか?なら由来の株の名前はなんですか? 必要ない情報も一杯引き出すことになるかもしれませんが、すべて書き出しながら可能性を考えてみるのも手です。 レポートもそうやっていろいろな事をあげておいて、消去していくような書き方でもいいですし。

(無題) 削除/引用 No.2812-6 - 2014/02/11 (火) 14:24:47 - 遺伝子実習が嫌いな大学生 楽をしようとしてあのような書き込みをしたことをを反省しています。 自分なりに考えてみたことを記載しましたのでもう一度ご協力ください。 今回の実習では制限酵素がメインであると思ったのでそれと関連付けてDNAのメチル化について考えました。 DNAはメチル化された塩基を含んでいるため制限酵素で処理されない場合がある。電気泳動でバンドが少なくなったのはbp間が近いためということのほかにメチル化されたDNAが制限酵素によって切断されなかったためであると考えました。 このことについてどう思われますか？ またEcoR1の理想的制限酵素パターンにはunmethとCpGの二つのパターンがあり、CpGの方がunmethよりバンドが一本少なかったです。これはなにを意味しているのでしょうか？ 調べたらCpGはメチル化されていない部分であるとわかったのですが、なぜバンドは少なくなるのでしょうか？メチル化されていないのだったら制限酵素はよく働きバンドの本数は増えるのではないでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2812-5 - 2014/02/11 (火) 13:02:15 - ぺーぺー 一度投稿したのですが、皆さん直接的な回答はしない方針のようなので（なんとなく）便乗して削除しました。 それはさておき、多分、実験結果をじっと眺めながらいろいろ考えたら結論がでるのだと思います、なにせ実習なんだから。ですから、あなたがどういう結果を出して、提出済みのレポートでどのように考察したのか、が分からなければ本質的な回答はできないでしょう。

(無題) 削除/引用 No.2812-3 - 2014/02/11 (火) 12:32:19 - おお 回答書きかけたんだけど、やっぱり自分でよく考えてください。レポートですし、勉強しなさいってことでしょうから。妄想でもいいから、これはあるかなぁとか書いてくれれば多少協力もできるでしょうけど。

(無題) 削除/引用 No.2812-2 - 2014/02/11 (火) 12:14:28 - あー それをここで聞いてどうするの 自分で考えたり調べたりした結果を書くのがレポートなのだよ

制限酵素切断パターンの実験評価 削除/引用 No.2812-1 - 2014/02/11 (火) 11:59:35 - 遺伝子実習が嫌いな大学生 大学にてDNAの制限酵素処理実験を行いました。 使用した制限酵素はEcoR1、Hind3、BamH1、Pst1。 1％アガロース、100V、20分の条件で電気泳動し、EcoR1は5本、Hind3は7本、BamH1は3本、Pst1は11本のバンドが確認されました。 この結果をバイオインフォマティックスによる理想的制限酵素切断パターンと比較し、レポートを提出したのですが他に考えられることは？と教授に書かれてしまい再提出となりました。 バンドの本数が少なくなった原因について書いたのですが他に何が考えられるのでしょうか？ 回答宜しくお願いします。

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