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DNase Iの常温放置について トピック削除
No.2792-TOPIC - 2014/02/03 (月) 10:22:10 - D
いつも参考にさせていただいております。

先日大量にQIAGEN社のRNeasy Micro kitを購入したのですが、納品に気づかず4日ほどそのキット内に含まれるDNase Iを常温放置してしまいました。

当方50細胞ほどの微量のRNAを扱っておりますが、影響を与えることはありますでしょうか。

またその失活している確認方法として適当なDNAサンプル(Genotypingで使った残りなど)をDNase処理してアガロース電気泳動したらいいのではないかと思ったのですが、それ以外に方法はありますでしょうか。

宜しくお願い致します。
 
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Qiagenなら 削除/引用
No.2792-6 - 2014/02/05 (水) 10:20:20 - ema
RNA抽出キット丸々買い換えると大変だけど、QiagenならDNaseのみ単独売りしてキットに使えるはずなので。

(無題) 削除/引用
No.2792-5 - 2014/02/05 (水) 08:36:41 - Harmonia
「失敗と分からずずるずると実験をしていた時間」X「携わった者の時給」

新規に購入しなおす代金。
どちらにするかを考えます。

(無題) 削除/引用
No.2792-4 - 2014/02/03 (月) 13:24:12 - AP
ちなみに原著はこれ、
ttp://www.nature.com/nbt/journal/v18/n3/full/nbt0300_243b.html
ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10997268

(無題) 削除/引用
No.2792-3 - 2014/02/03 (月) 12:54:18 - AP
こんなところで見ず知らずの人間に(たとえ、よく知っている人であろうが)
「それ、全然大丈夫ですよ」と言われても「それ、ヤバイですよ。きっと実験失敗しますよ」と言われても、当事者としては、何の足しにもならないんじゃないかな。気休め程度に他人の意見を聞いて、実験するですか?

というわけで、私からは個別のケースに付いて「大丈夫」とも「絶対ダメ」とも言えませんが、参考までに、

もう10年以上前の話で、制限酵素の話だけれども、
実は、制限酵素製品は室温で半年以上(だったか)放置しても失活は見られないということが、論文かテクニカルチップスで報告されました。
ひょっとすると、制限酵素の種類に因る差が多少あったかもしれないし、未開封の状態という条件付きだったかもしれない(保存中の酵素の失活の多くは、細菌、真菌、プロテアーゼのコンタミに因るものだから)。で、結論としては熱帯地方に制限酵素を送るときでも普通郵便で大丈夫という話だったかと(bionet.molbioなんかにで良く話題になっていた)。

まあ、大昔は制限酵素もDNase Iも由来生物(細菌各種とかウシ膵臓とか)から精製してしたもので、どうしてもプロテアーゼなどのコンタミを避けられなかったでしょうから、安定性が低く、フリーザーで保存というのはクリティカルだったんでしょう。しかし、現在ではほとんどの酵素はタンパク質発現に適した大腸菌株などで発現させたリコンビナントで、精製度も高くなっていますから、かつてほどの心配は要らなくなっているとは言えるでしょう。

(無題) 削除/引用
No.2792-2 - 2014/02/03 (月) 11:22:22 - おお
貴重でない数サンプル用意してつかってみれば。おそらくRTPCRが主の目的とかってに想像してるので、昔にとったRNAと比較でRTせずにPCRしてバックグランドに違いがあるか(もちろんゲノムが増えるようなプライまーで)。

その辺のDNAで消化するか確かめたにしても活性が半分になっていたとかだとわからないよね。もしポジコンがあるなら、希釈系列をつくってどこで活性が見られなくなるかとかで活性の差があるか見ることはできるかもしれないけど。

DNase Iの常温放置について 削除/引用
No.2792-1 - 2014/02/03 (月) 10:22:10 - D
いつも参考にさせていただいております。

先日大量にQIAGEN社のRNeasy Micro kitを購入したのですが、納品に気づかず4日ほどそのキット内に含まれるDNase Iを常温放置してしまいました。

当方50細胞ほどの微量のRNAを扱っておりますが、影響を与えることはありますでしょうか。

またその失活している確認方法として適当なDNAサンプル(Genotypingで使った残りなど)をDNase処理してアガロース電気泳動したらいいのではないかと思ったのですが、それ以外に方法はありますでしょうか。

宜しくお願い致します。

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