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さっきの訂正 削除/引用 No.2766-9 - 2014/02/04 (火) 17:44:41 - anonymous Analyze　Particlesは、黒い部分の面積を求めるようなので、もしかしたら、二値化画像を生成した後にinvertして白黒反転させる必要があるかもしれません。

Adaptive threshold 削除/引用 No.2766-8 - 2014/02/04 (火) 17:25:35 - anonymous これは、手動による範囲選択によるアーチファクトの発生が。。。多分ありません。 以下、手順になります まずAdaptive threshold pluginをimagejに導入してください(https://sites.google.com/site/qingzongtseng/adaptivethreshold) 画像を開きます Image→Type→8-bit　 と選択して8ビット白黒画像に直します Plugin→adaptiveThr 閾値決定ウィンドウを開きます Previewにチェックを入れます using the "Mean"（お好みでどうぞ） 2つスライドバーが出てきますが、主にblock sizeを調整してください。 経験的に、subtractは小幅の増減で十分です。 OKを押して2値化画像を生成してください。 そのあと、Analyze→　Analyze Particlesと選択してウィンドウをだして Size（pixel^2）: 0-Infinity Circularity: 0.00-1.00 Show: Nothing Display　results　にチェックをいれる OKを押す そうするとResultウィンドウがでてきて各円形領域の面積が求まります。 ご希望に沿ったやり方であれば幸いです。 （上級編） OpenCVを活用したプログラミングが可能であれば、Adaptive thresholdからのラベリング処理(参考：　http://oshiro.bpe.es.osaka-u.ac.jp/people/staff/imura/products/labeling)で同様の処理が可能です。

(無題) 削除/引用 No.2766-7 - 2014/01/28 (火) 12:08:51 - とりあえず thresholdにはどのメニューを使っているのでしょうか？ とりあえずThreshold Colorで適当に選んで、Select押したあとに Edit->Selection->Create Maskを選択すれば白黒の画像が出来ると思うので、この上で面積測定するのはいかがでしょうか？ 自分が設定した範囲(ROI)はROI managerで一回保存してからもう一回呼び出せばいいんじゃないでしょうか？ >蛍光免染であるので、可能ならカラーで画像処理をしたい 多重染色で一つ目のチャンネルでROI設定、二つ目の画像で測定ってことでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2766-6 - 2014/01/28 (火) 09:45:40 - qq ＞しかし、カラーのままでは閾値で振り分けしてくれません。 曖昧だなあ、 どう考えて、どうしたの？ それで、どうならなかったの？ ＞蛍光免染であるので、可能ならカラーで画像処理をしたい なぜ？　理解できません。

(無題) 削除/引用 No.2766-5 - 2014/01/28 (火) 00:32:33 - 解析 中西部ポスドク様、qq様ご意見ありがとうございます。 RGBで画像を分離すれば問題なくできるようになりました。 しかし、カラーのままでは閾値で振り分けしてくれません。 蛍光免染であるので、可能ならカラーで画像処理をしたいのですが無理でしょうか？ よろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用 No.2766-4 - 2014/01/25 (土) 16:31:53 - qq 問題なくできる気がします。 例えば、こんな方法も可能かもしれません。 １）画像全体を閾値で二値化する。 ２）free-hand selectionなどで領域を選択する。 ３）Measureを実行して、IntDenの値は、閾値以上の面積に比例する値です。255（黒いところの値）で割ると閾値以上の面積が得られる。面積をPixelで出したいのであれば、RawIntDenを255で割れば良いだろう。 ４）2)-3)を繰り返す。 領域を予め複数選択してROI-managerに登録（Ctrl+T）しておくと、より簡単にできそうです。

(無題) 削除/引用 No.2766-2 - 2014/01/25 (土) 15:47:52 - 中西部ポスドク 範囲を一度cropしてから、閾値を決めて測ってみては？

ImageJによる画像解析 削除/引用 No.2766-1 - 2014/01/25 (土) 15:22:25 - 解析 いつも参考にさせて頂いております。 現在、ImageJによる蛍光免疫染色画像の解析を試みております。 具体的には、自分が設定した範囲内、かつ、自分が設定した閾値以上の部分の総面積を測定したいと考えています。 閾値を設定することは可能です。さらに自分が設定した範囲だけを測ることも可能です。ですが両立することができません。 何かいい方法があればぜひ教えて頂きたいと思います。 よろしくお願いします。

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