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トランスクリプトーム解析の統計処理について トピック削除
No.2764-TOPIC - 2014/01/25 (土) 00:13:48 - ビビンバ
次世代シークエンサーを使ってRNA-seq解析をしています。解析について困っています。

現在、ある特殊な組織で高発現している遺伝子を探し出す解析をしています。

サンプルを以下のように４つ用意しました。
○ある特殊な組織（産まれてすぐの個体）
○ある特殊な組織（産まれてから１年たった個体）
○個体丸ごと（産まれてすぐの個体）
○個体丸ごと（産まれてから１年たった個体）

まず、個体丸ごとと比較してある特殊な組織で高発現している遺伝子はそれぞれのステージでいくつか発見できました。以下のような感じで↓
ある特殊な組織（産まれてすぐの個体）と個体丸ごと（産まれてすぐの個体）を比較
＆
ある特殊な組織（産まれてから１年たった個体）と個体丸ごと（産まれてから１年たった個体）を比較

この後、個体丸ごとサンプルで時間で発現変動する遺伝子とは異なる挙動を示す遺伝子をある特殊な組織で探したいと思っています。

この場合、どのような統計処理をしたら良いか教えてください。
Rで処理すると思うんですが、使うパッケージも教えていただけると嬉しいです。
よろしくお願いします。
　
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(無題) 削除/引用
No.2764-5 - 2014/01/27 (月) 10:29:57 - 橘
以下のページをご参照下さい。
http://cat.hackingisbelieving.org/lecture/tohoku-u/NGS-R-Bioconductor-2nd.html
http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html

(無題) 削除/引用
No.2764-4 - 2014/01/25 (土) 18:09:42 - 直輝
個体丸ごと（産まれてすぐ） vs 個体丸ごと（１年）・・・リストA
特殊な組織（産まれてすぐ） vs 特殊な組織（１年）・・・リストB

リストAとBの共通部分を差っぴけば良いと思います（ベン図で考えて）。

(無題) 削除/引用
No.2764-3 - 2014/01/25 (土) 15:55:53 - おお
RNA-seq解析ツーるについてないかなぁ。。。たぶんフリーのRNAseqの解析用ソフトにもそう言うのがあるとおもうんだけど。
コピー数とか配列出現率ででるんであれば、fisher's exact testみたいなやつでもいけると思うけど。

もし同じ組織で3回解析していたら、3回の平均などからT-testもかのうだし。

あとqqさんの指摘は一考してみてもいいかと。組織特異性ということを考えているのでしょうけど、お示しのアプローチはなんか具体的でないような気がして、、、

(無題) 削除/引用
No.2764-2 - 2014/01/25 (土) 10:20:42 - qq
しろうとの想像なのでスルーされて結構ですが、面白そうなので出しゃばります。
あなたの実験系では個体丸ごとのRNAを適切に調製する方法があるのですね。
個体丸ごとのRNA発現量の変化は、何を代表するのでしょう？
「それぞれの臓器の遺伝子発現量」を臓器重量倍した量の総和が、個体丸ごとの発現量だと考えて良いのでしょうか。
例えば、芋虫だったら、筋肉組織がもっとも量的に多いと思うのですが、仮にそうだとすると、芋虫の脳の遺伝子発現を、芋虫の筋肉の遺伝子発現と比較するようなものになるのかなあ？
この手法だと、大きな臓器の特異的な遺伝子発現は、個体全体の遺伝子発現とほとんど変わらないことになってしまうので、差異をを見出すことができないと言うことにならないのかな？まあ、現実はそんなに問題は無いのかもしれません。逆に小さな臓器であれば、検出感度が上がりそうな気がしますね。

トランスクリプトーム解析の統計処理について 削除/引用
No.2764-1 - 2014/01/25 (土) 00:13:48 - ビビンバ
次世代シークエンサーを使ってRNA-seq解析をしています。解析について困っています。

現在、ある特殊な組織で高発現している遺伝子を探し出す解析をしています。

サンプルを以下のように４つ用意しました。
○ある特殊な組織（産まれてすぐの個体）
○ある特殊な組織（産まれてから１年たった個体）
○個体丸ごと（産まれてすぐの個体）
○個体丸ごと（産まれてから１年たった個体）

まず、個体丸ごとと比較してある特殊な組織で高発現している遺伝子はそれぞれのステージでいくつか発見できました。以下のような感じで↓
ある特殊な組織（産まれてすぐの個体）と個体丸ごと（産まれてすぐの個体）を比較
＆
ある特殊な組織（産まれてから１年たった個体）と個体丸ごと（産まれてから１年たった個体）を比較

この後、個体丸ごとサンプルで時間で発現変動する遺伝子とは異なる挙動を示す遺伝子をある特殊な組織で探したいと思っています。

この場合、どのような統計処理をしたら良いか教えてください。
Rで処理すると思うんですが、使うパッケージも教えていただけると嬉しいです。
よろしくお願いします。
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