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ドットブロットをきれいに見せる方法 トピック削除
No.2696-TOPIC - 2013/12/27 (金) 17:06:45 - ドーナツ
以前のドットブロットのトピがあったので、それを参考にして実験をしました。
サザンブロットに使ってるろ紙をニトロセルロースメンブレンの下に敷いた状態で、4ulのゲノムサンプルをのせて乾燥させ、ドットブロットを行いました。
しかし、ドットがドーナツ状(周りだけ黒い状態)になったり、ドットの中に小さな黒い小さな点が入ったり、見た目がきれいではありません。
何度やってもこのような状態が続きます。
ドットをきれいに見せるための(ゲノムが均一にメンブレンに広がるような?)機器を買うのも辛いので、できるだけ安い費用で済ませたいのですが、機器に頼らないようなドットをきれいに見せるような方法って何かないものでしょうか?
経験者の方、よければご教授下さい。
 
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No.2696-6 - 2013/12/30 (月) 19:10:17 - ドーナツ
おおさんの仰る通り、手抜きドットブロットのトピを参考にしました。
あのトピを見て、ニトロセルロースで実験を進めようと思いました。
なかなかデータをきれいに見せるのって大変ですね。
だけど、あのトピがなければもっと苦労していたと思います。
その件には感謝しております。

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No.2696-5 - 2013/12/30 (月) 02:33:14 - おお
たしか手抜きのどっとブロットでできるかどうかきいたことがあります。それを見られているのでしょうか。
あの時は蛋白をやっていて、蛋白の場合は量が少ないと外に広がらないような感じだったかもしれません。

きれいなプラスティックとか、ラップとか水を弾くような素材の上にサンプルをおいて(表面張力でまるくなった状態で)その上に膜を落とすとどうかなぁ。。。
とかってな想像を。。。

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No.2696-4 - 2013/12/29 (日) 20:17:34 - ドーナツ
APさん、素晴らしいアイデアありがとうございました。
私もキャリアーの発想は全くございませんでした。
年明けにでも早速試してみたいと思います。
大変参考になりました。ありがとうです!!

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No.2696-3 - 2013/12/28 (土) 21:55:54 - 中年
私も10年近く前に同じ問題に苦しんで、ドーナッツみたいなハイブリパターンを論文に載せたことがあります。積年の懸案(?)が解決しました。APさん、ありがとうございます。その解決策を思いつかなかった自分の迂闊さが恥ずかしい。

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No.2696-2 - 2013/12/28 (土) 11:22:46 - AP
サンプルDNAの希釈液にcarrier DNA/RNAは入っていますか?

サンプルDNAしか含まれずその濃度が低い場合、吸着しやすいところ(水滴のヘリや最初に滴下したポイント)にDNAが急速に吸収されてしまって濃くなり、そうでないところはDNA濃度が下がって薄くなることがあります。
サンプルDNAに対して過剰量のcarrier(ただしメンブレンの結合容量を超えないように)を入れておくことで、そのような吸着のタイミングやスポット内の位置による条件のムラを防ぐことが期待できます。

ドットブロットをきれいに見せる方法 削除/引用
No.2696-1 - 2013/12/27 (金) 17:06:45 - ドーナツ
以前のドットブロットのトピがあったので、それを参考にして実験をしました。
サザンブロットに使ってるろ紙をニトロセルロースメンブレンの下に敷いた状態で、4ulのゲノムサンプルをのせて乾燥させ、ドットブロットを行いました。
しかし、ドットがドーナツ状(周りだけ黒い状態)になったり、ドットの中に小さな黒い小さな点が入ったり、見た目がきれいではありません。
何度やってもこのような状態が続きます。
ドットをきれいに見せるための(ゲノムが均一にメンブレンに広がるような?)機器を買うのも辛いので、できるだけ安い費用で済ませたいのですが、機器に頼らないようなドットをきれいに見せるような方法って何かないものでしょうか?
経験者の方、よければご教授下さい。

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