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(無題) 削除/引用 No.2667-4 - 2013/12/17 (火) 23:51:18 - m pa様 ありがとうございます。phyre2早速入力してみました。 申し訳ありません・・初歩的な質問で申し訳ないのですが、 molprobityで水分子付加後、downloadを選択すると、txt化された情報が 大量に表示されると思うのですが、これをここからどうしたらよいのでしょう・・？ 今の所、ネット情報を元にとりあえずトライしている状況なのですが、具体的な手法がのっている参考書などご存知でしょうか？ おお様 すみません。スーパーインポーズというのがまず初耳でした・・。 過去質問から、「結果のでている構造の上にインプットしたアミノ酸配列をオーバーラップ(スーパーインポーズ)させて構造を予測」というのを（おお様の回答から）拾ってきたのですが、 この手順を簡単に概説しているwebページなどありますでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2667-3 - 2013/12/17 (火) 21:24:13 - pa 私も同様のことをしたくて勉強中のものです。 pdbのデータについて、水分子が含まれていないようでしたら、ツールを利用して水分子を補完すると水分子を介した結合がわかりやすくなると思います。molprobityというサイトで、pdbの番号を入れてあとはすべてデフォルトで進めると水分子つきのファイルが出来上がって便利でした。 構造情報もありますし、３次構造の予測をぜひ試されるべきと思います。phyre2のサイトは配列のみで試せるので手軽です。

(無題) 削除/引用 No.2667-2 - 2013/12/17 (火) 20:14:33 - おお 構造の予測だけでなくて、スーパーインポーズしたときの安定性(エンタルピーとか熱エネルギーで示されるんだったと思う)が計算されるので、それが参考になると思う。アミノ酸を置換してその数値を比べればいいかと、

タンパク質構造モデリングについて 削除/引用 No.2667-1 - 2013/12/17 (火) 17:29:05 - m あるタンパク質（X線結晶構造解析の結果が公開されている）の 特定の１アミノ酸が変化した時、タンパク質構造のレベルで何か起こらないかということを 調べたいと思っております。wetの実験の糸口にならないかという所です。 ですが、このようなことに関して、あまりにも初心者すぎて苦戦しており、 ご助言いただけないかと思い、投稿しました。。 付け焼き刃的にいろいろ試した結果、 →PDBからダウンロードしたデータを、swiss-pdb viewerで見てみる 他のアミノ酸と水素結合していたりしないか（アミノ酸置換で結合が壊れないか？ということで） 見てみるが、そもそも元がプロリンなので、別に結合していない。 置換によって新しく生まれたりしそうな気もするが・・確かめる方法がわからず。 →他の予測サイト使用の結果、disorder領域というものに属しているアミノ酸のようだが、アミノ酸置換によって領域がそこで途切れるようである。が、その意味がよくわからない。 →Jpredというサイトで２次構造予測はやってみるが、特に変わらない。 ・α-ヘリックスやβ-シートに属しているアミノ酸ではありません。 ・変化はプロリン→ロイシンです。 あるアミノ酸置換がタンパク質に及ぼす影響を予測したい！ということなのですが、 何かご助言いただけると幸いです。よろしくお願いいたします。

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