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変性ゲルのSybr Green II染色 トピック削除
No.2642-TOPIC - 2013/12/10 (火) 20:08:30 - サイババ
RNA量が非常に少ないサンプルをAgarose/formaldehyde変性ゲルでRNAを泳動し、Sybr GreenIIで染色しようと思っていますが、変性ゲルの場合、非変性ゲルよりも感度が下がるようです。泳動後ゲルを水とかバッファーでよく洗って、formaldehydeを除けば感度は非変性ゲルなみになるものなのでしょうか？それともあまり変わらないのでしょうか？
　
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No.2642-5 - 2013/12/12 (木) 18:06:05 - サイババ
APさん

たびたびありがとうございます。

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No.2642-4 - 2013/12/11 (水) 12:31:14 - AP
>EtBrの濃度は失念しましたが(0.5 ug/mLくらいかなあ。Molecular Cloningには載っています）

記載を確認したら10 ug/mLだった。念のため。

(無題) 削除/引用
No.2642-3 - 2013/12/10 (火) 21:41:52 - サイババ
APさん

ありがとうございます。是非試してみます。

(無題) 削除/引用
No.2642-2 - 2013/12/10 (火) 20:37:16 - AP
おそらくRNAをロードする前にフォルムアルデヒド/フォルムアミドと加熱して変性していると思いますが、そのときに少量のEtBrを加えておくと、おそらく架橋によって、RNAが染まります。これは非常に高感度に検出できます。EtBrの濃度は失念しましたが(0.5 ug/mLくらいかなあ。Molecular Cloningには載っています）すごい大量でなければ移動度にも影響ありません。

変性ゲルのSybr Green II染色 削除/引用
No.2642-1 - 2013/12/10 (火) 20:08:30 - サイババ
RNA量が非常に少ないサンプルをAgarose/formaldehyde変性ゲルでRNAを泳動し、Sybr GreenIIで染色しようと思っていますが、変性ゲルの場合、非変性ゲルよりも感度が下がるようです。泳動後ゲルを水とかバッファーでよく洗って、formaldehydeを除けば感度は非変性ゲルなみになるものなのでしょうか？それともあまり変わらないのでしょうか？
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