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(無題) 削除/引用 No.2620-8 - 2013/12/11 (水) 10:46:55 - Pumpkin ysさんが示されていますが、normalizedするのがいいかなぁ。 経験的には、発現量が少ない遺伝子も捕えようということですので、 すごく発現しているものは数が減るとはいえ、リード数は多くなります。 yさんが示されているsubtractionでは多型があるにせよないにせよ、 同じ遺伝子ならさっぴかれてしまうのでだめかも。 対照に対して発現差がある遺伝子を釣る方法ですからね。

(無題) 削除/引用 No.2620-7 - 2013/12/10 (火) 21:39:48 - ys http://www.evrogen.com/products/Trimmer/Trimmer.shtml

(無題) 削除/引用 No.2620-6 - 2013/12/10 (火) 18:55:04 - y タカラのキットで、2種類の細胞を使って両方に発現しているRNAをサブトラクションするのがあります。

(無題) 削除/引用 No.2620-5 - 2013/12/05 (木) 15:58:52 - おお くわしくはしらないけどexome sequencingというのもあるけど。

(無題) 削除/引用 No.2620-4 - 2013/12/05 (木) 15:56:51 - おお 偏りができても2種類配列があるかないかなので、よほど極端じゃなければわかるんじゃないかなぁ。発現量検出感度のダイナミクスより2オーダーぐらい低い範囲で、両方検出されているなら何とかなりそうな気がしますけど。。。 とかってな推測をしています。感度のダイナミクスはちょっと知らないけど。

(無題) 削除/引用 No.2620-3 - 2013/12/05 (木) 09:34:32 - Kotatsu ゲノムサイズが大きく、さらに複雑な種なので、RNA-seqをすることにしました

(無題) 削除/引用 No.2620-2 - 2013/12/04 (水) 22:34:19 - おお ゲノムを読むことはできないの?

RNA-seqでの多型 削除/引用 No.2620-1 - 2013/12/04 (水) 18:50:03 - Kotatsu Hiseqを用いたRNA sequencingを行って、系統間の多型を見つけたいと思っています。 ただRNA-seqの場合、発現レベルによってリードの偏りができてしまうと思うのですが、 シーケンスする前にある程度発現量を補正する方法というのはあるのでしょうか？

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