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ウェスタンブロットで目的の位置にバンドが出ない トピック削除
No.2612-TOPIC - 2013/12/02 (月) 19:34:10 - kkoommuu
宜しくお願いいたします。
WBでp53のmonoclonal抗体を調べて転写したところ、ECLのラダーで70kDaのところに1本だけ綺麗に検出され、本来の53kDaに検出されません。サンプル10検体で確認しても、綺麗に70kDaに1本だけ検出されます。celllineにradiationを当てて、24時間後のlysate用いていますので、p53が発現していないということはないとおもうのですが。。

これは、
1、p53を検出できてないのでしょうか。。
2、p53が発現していないのでしょうか。
3、70kDaの位置にあるバンドはp53であるのでしょうか。。
非特異バンドも出ていないですし、バックグランドもいい感じなので解釈に困っております。。
 
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PpAqbrJsWJ 削除/引用
No.2612-12 - 2018/02/17 (土) 22:32:46 - Barneyxcq
DANaTL http://www.LnAJ7K8QSpfMO2wQ8gO.com

(無題) 削除/引用
No.2612-11 - 2013/12/05 (木) 08:53:02 - pp
ちょっと調べてみると、PC3細胞はp53ののってる染色体がhemizygousで、しかも残っているp53に欠失変異があってRNAレベルでも発現がないという細胞ですよね。
その情報から考えると、何をしようがp53は発現しないと考えるのが妥当だと思います。

何らかに刺激でp53が強発現する論文があるとのことですが、PC3細胞に何か遺伝的な操作はしていませんか?

70kDaのバンド自体が抗体の非特異である可能性が高いですが、もし何を認識しているかを調べたければ質量分析などで確認できますし、RT-PCRでmRNAレベルでの発現を確認すれば今使っている細胞がp53を発現するかはわかると思います。
p53の研究をするのであれば、発現することがわかっている細胞を使った方がよいでしょう。

(無題) 削除/引用
No.2612-10 - 2013/12/04 (水) 00:16:10 - 名無し
いや、p53nullというなら、紫やってもやっぱnullはnullなんじゃね。なんか構造のよく似た仲間の遺伝子が発現して、とかはもしかしたらあるのかもしれないのでそういう可能性を考える余地はあるけど。

とりあえずnullの話を置いておくなら、p53は分子量の異なるスプライシングバリアントていうかアイソフォームがけっこうあるのでその70Kのp53ぽいのもそっち系のp53かもしれない。で、これについて、p53が53くらいにバシってでることが分かってる細胞でウェスタンしたときはどうよ、とかおもう。
また、p53はスモとかネド8とか指キチとかの分子量が大きめに出るような修飾もうける蛋白質なので、そういう可能性もちょっとはありなんだが、そういった修飾p53は通常は細胞内の全p53のごく一部だし、インヒビタいれて速攻かつ慎重にやらないとすぐはずれるくらい不安定だから、全部70kに行くのもちょっとどんなもんかなあ?とかもおもう。

そういうことを総合して考えたとき、やはりこれは残念な抗体なのではないか、という気がする。

(無題) 削除/引用
No.2612-9 - 2013/12/03 (火) 22:24:59 - おお
nullって遺伝子がないということだよね、通常は。ない遺伝子が発現するってありえますか。

(無題) 削除/引用
No.2612-8 - 2013/12/03 (火) 20:12:43 - kkoommuu
pc3という前立腺癌細胞ですが、p53はnullであるようです。
この場合、radiationあててもp53は、発現しないと考えるものなのでしょうか。。ほかの論文では活性化因子をかけて、p53が強発現している論文もあり、混乱しております。頓珍漢な文章化もしれませんが、すいません。。

(無題) 削除/引用
No.2612-7 - 2013/12/03 (火) 10:07:04 - おお
あ、細胞使ってるんですね。まぬけなかいとうしたかも。未処理でも同程度にみえますか?

(無題) 削除/引用
No.2612-6 - 2013/12/03 (火) 10:02:39 - み
サンタクルーズのclone DO1だったかな。
ヒトサンプルに関してWBでは検出できたよ。
マウスサンプルに対してはは知りません。

(無題) 削除/引用
No.2612-5 - 2013/12/03 (火) 09:25:03 - ~
70kD位に非特異のバンドが出る抗体を見かけますし、
p53のメインバンドよりもシグナルが強い写真もみかけます。
そのため、p53が発現していたとしても、見えない加減で焼いているのかもしれません。

>celllineにradiationを当てて、24時間後のlysate用いていますので、p53が発現していないということはないとおもうのですが
同じセルラインに同じ線量をあて、同じ時間後に同じ抗体で見た報告があるのですか?

書かれている情報以外は不確定ですので、使用したのがp53 nullの細胞である可能性すら否定されていません。

(無題) 削除/引用
No.2612-4 - 2013/12/03 (火) 07:30:56 - おお
培養細胞で発現させたのと、組織で違ったところに出るパターンもありますよね。p53でどうかはわかりませんけど。ただ細胞に発現させることで抗体がワークしているか検討がつきますので、有用なじょうほうをえることができるかと。
とくにp53ならnullの細胞も手に入りやすいかと。

(無題) 削除/引用
No.2612-3 - 2013/12/03 (火) 00:45:25 - 独り言
WBのマーカーはあくまで目安なので、タンパク質のアミノ酸組成によりある程度誤差はあります。または、53kDaのところに出ていても、ノンスペの可能性はあるわけで。だから、ポジコンとしてp53をプラスミドで過剰発現したライセートを用意することが一番確実です。もしくはp53が誘導されていない条件と誘導されているライセートを比べてもよいです。

(無題) 削除/引用
No.2612-2 - 2013/12/02 (月) 21:03:28 - おお
抗体のクローン名とか、epitopeの配列を明示した方がいいのでは?
最近はゲルなどのバッファーにかなりバリエーションがありますので、それによっても移動度が違うことがあります。

あと検体はひとですよね。

ウェスタンブロットで目的の位置にバンドが出ない 削除/引用
No.2612-1 - 2013/12/02 (月) 19:34:10 - kkoommuu
宜しくお願いいたします。
WBでp53のmonoclonal抗体を調べて転写したところ、ECLのラダーで70kDaのところに1本だけ綺麗に検出され、本来の53kDaに検出されません。サンプル10検体で確認しても、綺麗に70kDaに1本だけ検出されます。celllineにradiationを当てて、24時間後のlysate用いていますので、p53が発現していないということはないとおもうのですが。。

これは、
1、p53を検出できてないのでしょうか。。
2、p53が発現していないのでしょうか。
3、70kDaの位置にあるバンドはp53であるのでしょうか。。
非特異バンドも出ていないですし、バックグランドもいい感じなので解釈に困っております。。

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