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プロテアーゼの認識配列の予測 トピック削除
No.2576-TOPIC - 2013/11/20 (水) 11:15:42 - マンマリアン
いつもお世話になっております。

現在、バクテリアを利用して組換え蛋白を産生しておりますが、目的の蛋白がプロテアーゼによって分解されている可能性が浮上しております。

そこで、アミノ酸配列を入力するだけで、分解しうるプロテアーゼの候補を予測するデータベースはございますか?また、種ごとに選択する機能があると非常に助かります。

ご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教示ください。
 
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No.2576-10 - 2014/05/02 (金) 00:34:00 - kmk
さっき使ったばかりですが、
http://lightning.med.monash.edu.au/PROSPER/webserver.html
というところもあります。種ごとはないですが。

(無題) 削除/引用
No.2576-6 - 2013/11/20 (水) 22:02:03 - 中年
組換えタンパク質生産に使われるバクテリアといえば、大腸菌か枯草菌でしょうか。この2つであれば、その件に関する話題がそれとして多数報告されていると思います。

(無題) 削除/引用
No.2576-5 - 2013/11/20 (水) 16:20:52 - pa
http://merops.sanger.ac.uk/cgi-bin/organism_search

こちらで、生物種ごとの既知プロテアーゼ(ペプチダーゼ)の一覧がとれて、リンクからそれぞれの酵素の情報のサマリーが確認できます。

手間はかかりますけどやりたい事には役立ちそうかと思いまして。。

(無題) 削除/引用
No.2576-4 - 2013/11/20 (水) 11:45:52 - マンマリアン
おお様、DMR様

 ご投稿ありがとうございます。

やはり、種ごとの選別はなさそうですね、、、

早速、下記データベースを試してみたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.2576-3 - 2013/11/20 (水) 11:34:18 - DMR
http://web.expasy.org/peptide_cutter/

種ごとに選択はできないようです。

(無題) 削除/引用
No.2576-2 - 2013/11/20 (水) 11:18:35 - おお
しゅごとじゃなくてプロテアーゼごとならあったけどなぁ。ブックマークしてなかったから、、、

プロテアーゼの認識配列の予測 削除/引用
No.2576-1 - 2013/11/20 (水) 11:15:42 - マンマリアン
いつもお世話になっております。

現在、バクテリアを利用して組換え蛋白を産生しておりますが、目的の蛋白がプロテアーゼによって分解されている可能性が浮上しております。

そこで、アミノ酸配列を入力するだけで、分解しうるプロテアーゼの候補を予測するデータベースはございますか?また、種ごとに選択する機能があると非常に助かります。

ご存知の方がいらっしゃいましたら、ご教示ください。

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