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細胞固定、Permeabilize、Cell Sorting後のRNA解析 トピック削除
No.2549-TOPIC - 2013/11/14 (木) 06:05:25 - RNA
お世話になっております。
フローサイトメトリーによる細胞分離およびRNA解析に関して質問が御座います。

この度2種類の細胞群をセルソーターにより分離した後にマイクロアレイあるいはRNA sequenceにかけたいと考えております。
この2種類の細胞群はマウス生体から取り出す予定です。
問題はこの2種類の細胞が持つ細胞表面マーカーが同一なことです。細胞内因子は異なっており、細胞内因子を染色すれば分離は可能なのですが、Permeabilizeする必要があります。Permeabilizeした上でRNA解析を行うのは一般的ではないと思いますが如何でしょうか？

細胞固定、Permeabilizeした後にRNA解析を行っている論文を探しましたがどれも被引用数が0-5未満程度で無名の雑誌に載っております。
フローサイトメトリーに関して経験が浅く、初歩的な質問で大変申し訳ございません。どなたかご教授頂ければ幸いです。宜しくお願いいたします。
　
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(無題) 削除/引用
No.2549-6 - 2013/11/16 (土) 02:34:01 - RNA
Protein様、

なるほどこのような商品があるのですね。これは細胞が取り込んでくれれば非常に有効ですね。検討してみます。
有難うございます！

(無題) 削除/引用
No.2549-5 - 2013/11/15 (金) 12:05:23 - protein
smartflareはどうでしょうか。
細胞によって取り込み能が違うようなので条件検討は必要かと思いますが。

(無題) 削除/引用
No.2549-4 - 2013/11/14 (木) 23:58:39 - RNA
皆さまご回答有難うございました。

~様
既に複数の論文が発表されていますが被引用数がほとんど無くマイナーな手法だと考えられました。そこで何故一般的にならないのか、何か問題点があるのだろうかと気がかりになっておりました。なにぶん労力とお金が多大にかかる実験ですので慎重になっておりました。ご説明不足で大変申し訳ありません。

HIH様
具体的なご経験を話してくださり有難うございます。やはりレポーターを入れてインタクトな細胞を回収するしかありませんか…

(無題) 削除/引用
No.2549-3 - 2013/11/14 (木) 13:21:18 - HIH
現実的にはその実験は非常に難しいです。
私も色々試しましたが、固定後に固定前と同じクオリティのRNAを回収することは不可能です。
その時点で解析結果に影響が出ないとは言えませんし、そんな解析を頑張る意味が無いのでその方法が一般的にならないのだと思います。

細胞内抗原を指標に精製してRNA解析をする場合は、
多少（どころではなく）面倒でも、
レポーターマウスを使うなりするしか完璧な方法はないと思います。

出来るかどうかではなく、一般的かどうか？ 削除/引用
No.2549-2 - 2013/11/14 (木) 10:40:58 - ~
質問は、
>Permeabilizeした上でRNA解析を行うのは一般的ではないと思いますが如何でしょうか？
なのですよね。
その手法は一般的ではない、それなりにマイナーな手法だと思います。
ただ、既に報告されていますので0から系を立ち上げる必要はありませんし、何に引っかかっているのかよく分かりませんが。

研究テーマを進めるための実験をすることが目的ではないのでしょうか？
被引用回数がN以上の論文に書かれた手法のみを使う、といったような縛りを入れているのでしょうか？

細胞固定、Permeabilize、Cell Sorting後のRNA解析 削除/引用
No.2549-1 - 2013/11/14 (木) 06:05:25 - RNA
お世話になっております。
フローサイトメトリーによる細胞分離およびRNA解析に関して質問が御座います。

この度2種類の細胞群をセルソーターにより分離した後にマイクロアレイあるいはRNA sequenceにかけたいと考えております。
この2種類の細胞群はマウス生体から取り出す予定です。
問題はこの2種類の細胞が持つ細胞表面マーカーが同一なことです。細胞内因子は異なっており、細胞内因子を染色すれば分離は可能なのですが、Permeabilizeする必要があります。Permeabilizeした上でRNA解析を行うのは一般的ではないと思いますが如何でしょうか？

細胞固定、Permeabilizeした後にRNA解析を行っている論文を探しましたがどれも被引用数が0-5未満程度で無名の雑誌に載っております。
フローサイトメトリーに関して経験が浅く、初歩的な質問で大変申し訳ございません。どなたかご教授頂ければ幸いです。宜しくお願いいたします。
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