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(無題) 削除/引用 No.2543-5 - 2013/11/13 (水) 20:36:32 - あこ みなさん、さっそくのお返事をありがとうございます。 残念ながらあまり研究れているとはいえないタンパク質なのですが、cofactor結合部位なら同定可能かもしれません。その辺りを中心にアライメントのチェックをしてみたいと思います。 私は分子系統解析の専門家ではないので、特別な方法があるかと思って不安になったのですが、少し安心しました。なんとか力技で頑張ってみます。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2543-4 - 2013/11/13 (水) 12:02:39 - NM 扱う配列はよく研究されているタンパクでしょうか？ それでしたら、活性部位、cofactor結合部位、基質結合部位、DNA結合部位など、目的タンパク質に特徴的な部位を探して、その共通性を確認することで客観的な評価はできると思います。 （活性に必須のシステインがずれていないか、相互作用に重要な塩基性アミノ酸の位置が一致しているかなど） それと、専門家によると、長い挿入部位があるときは間違うことが多いそうです。

(無題) 削除/引用 No.2543-3 - 2013/11/13 (水) 00:43:23 - おお うーんたとえばですよ、ほとんどコンセンサスがないモチーフ間のリンカー的な配列があったとして、そう言うところは意味がなく無理矢理というか、どこかにアミノ酸をおかないといけないから、 ほかの配列と比較的にたアミノ酸があるところにおいているだけで意味がないこともあります。その辺はどう影響するかわかりませんが、バックグランドレベルの数字になるんじゃないでしょうかねぇ。 あと、アミノ酸のcomplexityが減るとコンセンサスがあるからあわせてるのか、同じようなアミノ酸が並んでいるからアライメントされてしまうのか識別不可能な場合もあるかもしれません。ただし、ひかくする蛋白である程度のかずのものが同じような場所にそういうのがあるなら、あまり気にすることはないかもしれません。 あとはmultipleのばあい、入れる配列の数を増やす方が正確になってきますのでそう言うのでカバーするのもいいかと思います。 指摘がありますが、もしアライメントをアミノ酸レベルでみてなければ、それで見てみることをおすすめします。 この辺りは私は詳しいものではないので、詳しい方のコメントがつくといいですね。

(無題) 削除/引用 No.2543-2 - 2013/11/12 (火) 22:02:19 - qq alignmentは、それぞれのソフトで実行するとして、結果のビュワーのようなものがあるほうが解りやすいだろうと思います。アミノ酸を色付けできたり、コンセンサス配列が示せたり、などなどです。 Jalviewを使ったことが無ければ、一度使ってみるといかがでしょうか。

アライメントの適正判断 削除/引用 No.2543-1 - 2013/11/12 (火) 21:22:51 - あこ アミノ酸シークエンスを用いて分子系統樹を作成しようとしていますが、アライメントにClustalWを使っています。目視でチェックしようにも、アライメントが適正なのかまったく判断がつきません。無理矢理に並べている可能性は考慮しなくて良いのでしょうか？　アライメントのチェックを行うテストなどがありましたら教えて頂きたいです。みなさんはアライメントのチェックはどのようになさっているのでしょうか？ よろしくお願いします。

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