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がん細胞のデータベース トピック削除
No.2534-TOPIC - 2013/11/11 (月) 12:44:47 - 通りすがり
 特定の遺伝子を発現するCell lineの名前を網羅的に調べることができる(リスト化できる)データベースなどはありますでしょうか。Oncomineを使おうとしたのですが、複雑すぎて挫折気味です。また、Developmental Therapeutics Program(DTP)の方は使い方はシンプルなのですが、発現量が相対値で表されているため、どこから「発現している」と区切ってよいのかよくわかりません。

 ご教授をよろしくお願いいたします。
 
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No.2534-5 - 2013/11/12 (火) 09:27:22 - 通りすがり2
human protein atlasは抗体だから、タンパクがあるかどうかはわかるね
もちろん、その抗体の出来如何だけど

(無題) 削除/引用
No.2534-4 - 2013/11/12 (火) 09:19:35 - 通りすがり2
refexaは?
http://sbmdb.genome.rcast.u-tokyo.ac.jp/refexa/main_search.jsp

(無題) 削除/引用
No.2534-3 - 2013/11/12 (火) 08:59:21 - 通りすがり
> Harmonia様

 実は、こちらも自分の専門分野ではなくて苦労しています。

 具体的な目的は、とある遺伝子を発現している癌のCell lineのリストを作りたいのです。より具体的には、「遺伝子Aは、このように、数多くのCell lineで発現しています。」というスライドを口頭発表の中で1枚必要としています。(できれば、Cell lineに加えて、In vivoの臓器名のリストがあればさらによいのですが)

 導入部分でさらっと触れるだけですので、Pubmedで一つ一つ論文を集めていくという手間を避けられればと考えています。

(無題) 削除/引用
No.2534-2 - 2013/11/12 (火) 08:25:57 - Harmonia
COSMIC には無いのでしょうか?
その分野のものではないので、網羅的な解析目的では使ったことがないので、
わからないのですが(特定遺伝子の変異など、辞書的に時々使う程度です)。

ttp://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/cosmic/

がん細胞のデータベース 削除/引用
No.2534-1 - 2013/11/11 (月) 12:44:47 - 通りすがり
 特定の遺伝子を発現するCell lineの名前を網羅的に調べることができる(リスト化できる)データベースなどはありますでしょうか。Oncomineを使おうとしたのですが、複雑すぎて挫折気味です。また、Developmental Therapeutics Program(DTP)の方は使い方はシンプルなのですが、発現量が相対値で表されているため、どこから「発現している」と区切ってよいのかよくわかりません。

 ご教授をよろしくお願いいたします。

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