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トランスフェクションがうまくいかない トピック削除
No.2520-TOPIC - 2013/11/05 (火) 14:49:20 - JJ
いつもお世話になっています。

ご相談なのですが、トランスフェクションがうまくいきません。
プロトコルを申し上げますと、
@血清フリーDMEM200μLにfugene6 6μL加える
A5分室温
BGFPプラスミド2μg加える
C20分室温
D前日まいておいたPLAT-A細胞にCを加える
E48時間incubation
F上清回収
G上清をDMEMで半分にわり、そこに10mg/mLのpolybreneを1000倍希釈で加える
H前日にまいたJ774細胞の培地を抜き、Gを加える
I48時間incubation

通常Iの時点で何割かの細胞はGFPで光っていると思うのですが、全く光りません。Eの時点でPLAT-A細胞はGFPで光っているのでウイルスはできていると思うのですが。。。polybreneがいけないのかと思い新しいものを出して使ったのですが、やはりうまくいきません。何が問題なのかお分かりになられる方がいらっしゃいましたらご教示頂けないでしょうか。

よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.2520-15 - 2013/11/12 (火) 10:10:10 - JJ
前に凍結保存しておいたGFPウイルスをかけると、J774がちゃんと蛍光を発したので、問題はpolybreneでもJ774でもなくそもそもPLAT-A細胞がウイルスをつくれていなかったことが原因であると分かりました。

しかしGFPプラスミドをトランスフェクションしたPLAT-A細胞はちゃんと光っているのです。なのにウイルスができていないということは、ウイルス粒子をつくるのに必要なgag, pol, envなどの遺伝子がメチル化などで抑制されているのでしょうか?そうだとしたら、どのようなときにそのような遺伝子発現抑制が引き起こされるのでしょうか?

よろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用
No.2520-14 - 2013/11/08 (金) 09:06:28 - ~
>すみません、NIH3T3で光っていたというのは気のせいだったようです。。。
あら残念。

でも、そうやって被感染細胞を複数用意したり、いい結果が出た時のウイルスを残しておいてコントロールにしたりしていけば、どのステップに問題があるか自分で検証できるようになるでしょう。

(無題) 削除/引用
No.2520-13 - 2013/11/07 (木) 18:10:32 - JJ
すみません、NIH3T3で光っていたというのは気のせいだったようです。。。
やはりウイルスもしくはパッケージング細胞に問題があるようです。もう一度パッケージング細胞を起こしなおそうと思います。

(無題) 削除/引用
No.2520-12 - 2013/11/07 (木) 15:02:53 - JJ
>[Re:11] plaさんは書きました :
> > パッケージング細胞がウイルスを急に作れなくなるといったことは実際によく起こることなのでしょうか?「ウイルス遺伝子が脱落する」というのが良く分からないのですが、どういうことですか?
> >
>
> ゲノムに組み込まれたとしても、外来の遺伝子が発現しなくなる事はよくあります。
> これは、PlatAなどに限らず、程度の差はありますが安定発現株全般に言えます。
> 遺伝子自体がなくなるわけではないと思うのですが、メチル化などでしょうか。
メチル化されたDNAは継代ごとに多くなっていくのでしょうか?そうならば、継代を繰り返したパッケージング細胞が継代を多く繰り返すとウイルスをつくれなくなっていくことは理解できるのですが、間違っていますか?

> PlatEやPlatAはウイルスの遺伝子を強制的に発現させているわけで、発現しなくなった細胞を除いて極力ウイルス粒子を作れる細胞だけを選択するために、培養中はPuroとBlaSを入れるようにしていると思います。
> PuroとBlaSはIRESでつなげてあるので、薬剤耐性遺伝子だけ発現することはないと思いますが、継代数が少ないPlatA細胞を起こし直す、あるいは再クローニングするのも解決法としては考えられます。
IRESでつなげてあるのがPuro耐性遺伝子とBlaS耐性遺伝子だけなら薬剤耐性遺伝子のみ発現するということもあり得るのではないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.2520-11 - 2013/11/07 (木) 14:44:32 - pla
> パッケージング細胞がウイルスを急に作れなくなるといったことは実際によく起こることなのでしょうか?「ウイルス遺伝子が脱落する」というのが良く分からないのですが、どういうことですか?
>

ゲノムに組み込まれたとしても、外来の遺伝子が発現しなくなる事はよくあります。
これは、PlatAなどに限らず、程度の差はありますが安定発現株全般に言えます。
遺伝子自体がなくなるわけではないと思うのですが、メチル化などでしょうか。

PlatEやPlatAはウイルスの遺伝子を強制的に発現させているわけで、発現しなくなった細胞を除いて極力ウイルス粒子を作れる細胞だけを選択するために、培養中はPuroとBlaSを入れるようにしていると思います。
PuroとBlaSはIRESでつなげてあるので、薬剤耐性遺伝子だけ発現することはないと思いますが、継代数が少ないPlatA細胞を起こし直す、あるいは再クローニングするのも解決法としては考えられます。

(無題) 削除/引用
No.2520-10 - 2013/11/07 (木) 13:32:18 - JJ
> パッケージング細胞にちゃんとウイルス作成の遺伝子が維持されているのであれば、GFPの発現がウイルスのタイターと相関しますが、パッケージング細胞のウイルス遺伝子が脱落してしまっていたら、GFPは発現しますが、ウイルスはできません。ちゃんとパッケージング細胞は薬剤でセレクションして培養してますでしょうか。もしくは無駄に長くケイダイをしない方がいいです。

パッケージング細胞がウイルスを急に作れなくなるといったことは実際によく起こることなのでしょうか?「ウイルス遺伝子が脱落する」というのが良く分からないのですが、どういうことですか?

(無題) 削除/引用
No.2520-9 - 2013/11/07 (木) 12:18:56 - ~
>NIH3T3という細胞にかけてみたのですが、GFPで光っているようなのでウイルス液自体は正常であるように思います。
これは一番最初に出してほしい情報です。
現在やられている操作のうち、ウイルス作成までが適切に行われていることを示す重要なデータです。
このデータがある以上、ウイルス自体は出来はともかく作られているのでしょう。

そのため、J774細胞側の問題を疑うべき状況かと思います。
既に起こしなおしをされているそうですので、その結果を待つのは悪い手ではないと思います。

また、死細胞や細胞の破片は自家蛍光を持つことがあるので、GFPが発現しているとは期待しない方がいいと思います。

蛇足ですが、Eの細胞の残りなどのGFPがあることが分かっている細胞をIと一緒に見ることはできませんかね。
Iの時の蛍光顕微鏡の設定を間違えていても、同じ状況になりうるかと思います。
共有の顕微鏡だとよくあることです。

(無題) 削除/引用
No.2520-8 - 2013/11/07 (木) 11:34:11 - JJ
>[Re:7] ~さんは書きました :
> 何が問題なのかといえば、どこに問題があるかを切り分ける実験をしていない点だと思います。
>
>
> 前にできていたというのは、ラボ内の別人ではなくご本人でしょうか。
> そうであれば、腕の問題ではないでしょうから、
> 1.J774の取り違えまたは変質
> 2.Plat-Aの取り違えまたは変質
> 3.pMX-GFPと他のGFP発現ベクターの取り違え
> あたりをつぶしていくのが早いかと。
>
> 前にうまくいっていたときは、ウイルス液を冷凍保存していなかったのでしょうか?
> それがあれば、1の可能性はつぶせますよね。
凍結保存したウイルス液では、タイターは非常に弱かったのですが、細胞がGFPで光っていることが確認できましたので、取り違えではないと思います。

> 逆に、ご自身で作られたウイルス液を、他の方の細胞にかけてもらってみてはいかがでしょうか。
NIH3T3という細胞にかけてみたのですが、GFPで光っているようなのでウイルス液自体は正常であるように思います。

> それと、ウイルスベクターは前と同じチューブの物を使っていますか?増やしなおしていませんか?
同じチューブのものを使っており、増やしなおしてはいません。

実験をやり直していて思ったのですが、ウイルスをかけている時間が長いのではと思ってきました。うまくいっていたときは12時間くらいでメディウムチェンジしていたのですが、ここ最近は15時間くらいかけていて、その時点で蛍光顕微鏡でみると、細胞の破片のようなものが光っているのがところどころに散見されたり、細胞膜周辺がかなり光っていたり、死細胞がかなり光って見えます。しかし、メディウムチェンジした後もう一度観察するとそういったものは洗い流されてしまうのか見えなくなり、真っ暗になります。

>[Re:6] 独り言さんは書きました :

> パッケージング細胞にちゃんとウイルス作成の遺伝子が維持されているのであれば、GFPの発現がウイルスのタイターと相関しますが、パッケージング細胞のウイルス遺伝子が脱落してしまっていたら、GFPは発現しますが、ウイルスはできません。ちゃんとパッケージング細胞は薬剤でセレクションして培養してますでしょうか。もしくは無駄に長くケイダイをしない方がいいです。
>
>[Re:5] Harmoniaさんは書きました :
> > 素朴な疑問なのですが、「パッケージング細胞がGFPで光っている」=
> > 「ウイルスができている」ととらえてよいものなのでしょうか?GFPタ
> > ンパクは効率よく産生されているが、ウイルス形成に必要なタンパク質
> > はあまり効率よくつくられていないという可能性はあるのでしょうか?
>
> 危うさを感じます。
> 細胞にプラスミドを振りかけて、なぜウイルス粒子が作られるのか、分かっ
> ておられないと感じました。

パッケージング細胞にコードされているpol,gag,env遺伝子のプロモーターよりも、プラスミド上のGFP遺伝子のプロモーターの方が強力である場合や、独り言さんの仰るようにパッケージング細胞側のプロモーターが壊れてしまっているような場合だと、GFPのみ産生され、それを包み込むウイルス粒子は産生されないこともあるのではないでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.2520-7 - 2013/11/07 (木) 09:18:46 - ~
何が問題なのかといえば、どこに問題があるかを切り分ける実験をしていない点だと思います。


前にできていたというのは、ラボ内の別人ではなくご本人でしょうか。
そうであれば、腕の問題ではないでしょうから、
1.J774の取り違えまたは変質
2.Plat-Aの取り違えまたは変質
3.pMX-GFPと他のGFP発現ベクターの取り違え
あたりをつぶしていくのが早いかと。

前にうまくいっていたときは、ウイルス液を冷凍保存していなかったのでしょうか?
それがあれば、1の可能性はつぶせますよね。
残っていなければ、ラボの他の人は同じような蛍光タンパク質発現ウイルスを使っていれば、それをもらえば評価できるでしょう。

逆に、ご自身で作られたウイルス液を、他の方の細胞にかけてもらってみてはいかがでしょうか。
それで感染してGFPが見えるようであれば、2、3が同時に潰せるでしょう。

それと、ウイルスベクターは前と同じチューブの物を使っていますか?増やしなおしていませんか?
ウイルスベクターは大腸菌内でデリーションしやすいので、適切に調製されたものであるかは確認しておいた方がいいでしょう。

(無題) 削除/引用
No.2520-6 - 2013/11/07 (木) 01:58:04 - 独り言

> > 基本的なことの確認ですが、
> > 1、使用しているレトロウイルスベクターは、実際にだれかが使用してうまくいったことがあるベクターでしょうか?
> pMXsを使用しており、私のラボではみんな使っています。
pMXsはプロモーターが弱いので、もしかすると蛍光では検出できない程度に発現しているかもしれません。一度WBで確かめてみては。もしGFPの発現がWBで見えるのであれば、タイターの問題となります。
また、pMXsを最近、大腸菌で増やし直したプラスミドであれば、一度もとのベクターと同じかどうか制限酵素でチェックしてみるといいです。LTRがあると、大腸菌内で組換えが起こりベクターがおかしくなる事があります。


>
> > 4、Eの時点で何割ぐらい光っているのでしょうか?70-80%ぐらいですか?
> ほぼ100%です。
> 素朴な疑問なのですが、「パッケージング細胞がGFPで光っている」=「ウイルスができている」ととらえてよいものなのでしょうか?GFPタンパクは効率よく産生されているが、ウイルス形成に必要なタンパク質はあまり効率よくつくられていないという可能性はあるのでしょうか?
>

パッケージング細胞にちゃんとウイルス作成の遺伝子が維持されているのであれば、GFPの発現がウイルスのタイターと相関しますが、パッケージング細胞のウイルス遺伝子が脱落してしまっていたら、GFPは発現しますが、ウイルスはできません。ちゃんとパッケージング細胞は薬剤でセレクションして培養してますでしょうか。もしくは無駄に長くケイダイをしない方がいいです。

(無題) 削除/引用
No.2520-5 - 2013/11/06 (水) 20:09:29 - Harmonia
> 素朴な疑問なのですが、「パッケージング細胞がGFPで光っている」=
> 「ウイルスができている」ととらえてよいものなのでしょうか?GFPタ
> ンパクは効率よく産生されているが、ウイルス形成に必要なタンパク質
> はあまり効率よくつくられていないという可能性はあるのでしょうか?

危うさを感じます。
細胞にプラスミドを振りかけて、なぜウイルス粒子が作られるのか、分かっ
ておられないと感じました。

(無題) 削除/引用
No.2520-4 - 2013/11/06 (水) 19:10:48 - JJ
ご回答ありがとうございます。

>[Re:2] 独り言さんは書きました :

>
> 基本的なことの確認ですが、
> 1、使用しているレトロウイルスベクターは、実際にだれかが使用してうまくいったことがあるベクターでしょうか?
pMXsを使用しており、私のラボではみんな使っています。

> 2、J774細胞をレトロウイルス感染に使用した実績はあるでしょうか?
あります。私の方でも少し前までJ774にレトロウイルスを感染させて実験しており、そのときまではうまくいっておりました。違うロットのJ774を起こしたせいなのでしょうか?一応新しくJ774を起こしなおしてやり直すつもりでいます。

> 3、その使用しているPlatEで実際にウイルス作成の実績はあるのでしょうか?
PLAT-EではなくPLAT-Aを使用しており、少し前までそれでうまくいっておりました。最近急にうまくいかなくなりだしたのです。

> 4、Eの時点で何割ぐらい光っているのでしょうか?70-80%ぐらいですか?
ほぼ100%です。
素朴な疑問なのですが、「パッケージング細胞がGFPで光っている」=「ウイルスができている」ととらえてよいものなのでしょうか?GFPタンパクは効率よく産生されているが、ウイルス形成に必要なタンパク質はあまり効率よくつくられていないという可能性はあるのでしょうか?

よろしくお願い致します。

(無題) 削除/引用
No.2520-3 - 2013/11/06 (水) 16:16:55 - CMV
私も以前極端に導入効率が落ちたことがあります。
いろいろ調べましたが、最終的にfugen6そのものが
4℃での長期保存で劣化?していたようでした。

あとはおまじない的要素かもしれませんが、
DNA のほうに fugen in DMEM をポタポタとゆっくり滴下し、
チップでグルグル混ぜる(ピペッティング・ボルテクス禁止)
と導入効率が良いとうちのボスは言っていました。

(無題) 削除/引用
No.2520-2 - 2013/11/05 (火) 19:38:08 - 独り言
まぁ、直接は関係ないことですけど、インフェクションがうまくいかないってことですよね。広義にはトランスフェクションですが、インフェクションと言った方がこの場合何が問題なのかわかりやすい。実際にFugeneのトランスフェクションがうまくいっているようですし。なぜか、よくインフェクションをトランスフェクションと言うヒトがこのトピには多い気がする。

基本的なことの確認ですが、
1、使用しているレトロウイルスベクターは、実際にだれかが使用してうまくいったことがあるベクターでしょうか?
2、J774細胞をレトロウイルス感染に使用した実績はあるでしょうか?
3、その使用しているPlatEで実際にウイルス作成の実績はあるのでしょうか?
4、Eの時点で何割ぐらい光っているのでしょうか?70-80%ぐらいですか?


Polybreneは魔法の粉というよりも、まじない程度のものだと思っているので、そこまで気にする必要はないと思います。

トランスフェクションがうまくいかない 削除/引用
No.2520-1 - 2013/11/05 (火) 14:49:20 - JJ
いつもお世話になっています。

ご相談なのですが、トランスフェクションがうまくいきません。
プロトコルを申し上げますと、
@血清フリーDMEM200μLにfugene6 6μL加える
A5分室温
BGFPプラスミド2μg加える
C20分室温
D前日まいておいたPLAT-A細胞にCを加える
E48時間incubation
F上清回収
G上清をDMEMで半分にわり、そこに10mg/mLのpolybreneを1000倍希釈で加える
H前日にまいたJ774細胞の培地を抜き、Gを加える
I48時間incubation

通常Iの時点で何割かの細胞はGFPで光っていると思うのですが、全く光りません。Eの時点でPLAT-A細胞はGFPで光っているのでウイルスはできていると思うのですが。。。polybreneがいけないのかと思い新しいものを出して使ったのですが、やはりうまくいきません。何が問題なのかお分かりになられる方がいらっしゃいましたらご教示頂けないでしょうか。

よろしくお願い致します。

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